如何在scanpy中更改字體大小

Question

我正在使用scanpy生成點scanpy並且無法更改字體大小。 有沒有辦法這樣做？

例如，我將如何編輯這行代碼？

sc.pl.dotplot(df, ["gene"], 'CellType', dendrogram=True, save = name)

Answer 1

IIRC，scanpy 只是在底層使用 matplotlib，所以有幾個選項：

您可以全局設置字體大小：

import matplotlib.pyplot as plt
plt.rcParams.update({'font.size': 'large'})

您可以專門更新（所有）軸標簽的字體大小：

plt.rcParams.update({'axes.labelsize' : 'large'}) 
plt.rcParams.update({'axes.xtick.labelsize' : 'large'})   
plt.rcParams.update({'axes.ytick.labelsize' : 'large'})    

最后，如果您有軸的句柄，則可以通過遍歷軸屬性來更改標簽的字體大小：

dp_object = sc.pl.dotplot(df,  ["gene"], 'CellType', dendrogram=True,  save = name)
axes_dict = dp_object.get_axes()
# figure out which axis you want by printing the axes_dict
# print(axes_dict)
ax = axes_dict[...]
ax.xaxis.label.set_fontsize(22)
for label in ax.get_xticklabels():
    label.set_fontsize('large')

Answer 2

事實證明，您可以直接使用 scanpy 執行以下操作：

sc.set_figure_params(scanpy=True, fontsize=14)

但是，我仍然不確定如何專門更改 y 軸...