ggtree 2.4.2 錯誤：DataMask$new(.data, caller_env) 中的錯誤：缺少參數“caller_env”，沒有默認值

Question

我正在嘗試 plot 使用 RevGadgets 1.0.0 和 ggtree 2.4.2 在 RevBayes 中生成的祖先狀態樹。 調用如下，所有變量都檢出，包括樹文件，采用 Nexus 格式，我可以在 FigTree 等中打開。

pp=plot_ancestral_states(tree_file=tree_fn,
                         include_start_states=T,
                         summary_statistic="PieRange",
                         state_labels=state_labels,
                         state_colors=state_colors,
                         tip_label_size=2.5,
                         tip_label_offset=0.1,
                         node_label_size=0,
                         shoulder_label_size=0,
                         show_posterior_legend=T,
                         tip_pie_diameter=0.5,
                         node_pie_diameter=2.0,
                         pie_nudge_x=0.03,
                         pie_nudge_y=0.16,
                         alpha=1)

錯誤消息是“DataMask$new(.data, caller_env) 中的錯誤：缺少參數“caller_env”，沒有默認值”

這似乎是一個 rlang 錯誤，但我沒有找到解決問題的方法。 RevGadgets 調用“plot_ancestral_states”的文檔為零。

感謝您的任何幫助。

Answer 1

原來這是最新版本的 dplyr 的問題。 從存檔中刪除 dplyr 1.0.6 並安裝 1.0.5 解決了該問題。

Answer 2

我遇到了完全相同的問題，但回滾到 Dplyr 的 1.0.4 版本並沒有解決它。 另外，我已經看到它在使用 1.0.6 的其他機器上運行（我也是）所以我想知道您是否知道其他問題？

干杯 GMD

這是我的 sessionInfo 以防萬一。 R 版本 4.0.5 (2021-03-31) 平台：x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 運行於：Windows 10 x64 (build 18363)

矩陣產品：默認

語言環境：[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252 LC_CTYPE=English_Australia.1252 LC_MONETARY=English_Australia.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_Australia.1252

附加的基礎包：[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

其他附加包：[1] ggtree_2.4.2

通過命名空間加載（未附加）：[1] Rcpp_1.0.6 magrittr_2.0.1 tidyselect_1.1.1 aplot_0.0.6 munsell_0.5.0 colorspace_2.0-1 ape_5.5
[8] lattice_0.20-41 R6_2.5.0 rlang_0.4.11 fansi_0.4.2 dplyr_1.0.6 patchwork_1.1.1 tools_4.0.5
[15] parallel_4.0.5 grid_4.0.5 gtable_0.3.0 nlme_3.1-152 utf8_1.2.1 ellipsis_0.3.2 lazyeval_0.2.2
[22] tibble_3.1.1 生命周期_1.0.0 crayon_1.4.1 treeio_1.14.4 tidyr_1.1.3 BiocManager_1.30.15 purrr_0.3.4
[29] ggplot2_3.3.3 vctrs_0.3.8 tidytree_0.3.3 膠水_1.4.2 編譯器_4.0.5 柱子_1.6.1 rvcheck_0.1.8
[36] generics_0.1.0 scales_1.1.1 jsonlite_1.7.2 pkgconfig_2.0.3

Answer 3

問題解決了

開發商給出的解決方案如下：

還請通過remotes::install_github("YuLab-SMU/tidytree")更新tidytree 。 這是因為mutate.tbl_tree中的tidytree在舊版本中沒有更新。

我還按照他的指示將 dplyr 從 1.0.6 回滾到 1.0.5。 不確定 tidytree 更改是否足夠，而且我沒有足夠的勇氣去嘗試。

Answer 4

我遇到了同樣的問題，首先嘗試更新 tidytree，但它沒有用。 還必須將 go 回 dplyr 1.0.5。

另一種選擇是從 GitHub remotes::install_github("YuLab-SMU/ggtree")更新 ggtree，它應該適用於 dplyr 1.0.6

Answer 5

以 Peter B 的解決方案為基礎，為那些以前不需要安裝 package 的存檔版本的人（如我）構建，這對我有用。

#Start a new R session
remove.packages("dplyr")
devtools::install_version("dplyr",version="1.0.5")
require(dplyr)

#Example to show ggtree is working
tmpFile=tempfile()
file<-download.file("https://4va.github.io/biodatasci/data/tree_newick.nwk",tmpFile)
tree<-read.tree(tmpFile)
ggtree::ggtree(tree)

安裝開發 Github 版本的 ggtree 並沒有成功，但上面的代碼可以。

Answer 6

DataMask$new(.data, caller_env) 中的錯誤：缺少參數“caller_env”，沒有默認值

可以確認當R、ggtree、dplyr和tidytree都是最新的時問題已修復：

• R 4.1.0
• ggtree 3.1.2.991
• dplyr 1.07
• 整潔樹 0.3.4

我必須將 R 更新為 4.1.0，因為上述 package 配置不適用於 4.0.3 或 4.0.5