如何制作同時包含連續變量和分類變量的 phylog.netic 樹

Question

我有一個包含 89 個標本的數據集，這些標本被放入進化枝中，如下表所示作為示例。 他們還有 5 個連續變量，我的目標是在 R 中創建此數據的 phylog.netic 樹，但我不太確定如何 go 了解它。 連續數據已標准化/歸一化。

標本	類型_1	類型_2	類型_3	續1	續2	連續3	續4	續5
1個	蜥蜴	優龍	sauro_1	2個	4個	5個	7	8個
2個	thera	全神貫注	馬尼拉普	2個	5個	4個	2個	1個
3個	奧尼	basal_orn	basal_orn	9	10	15	20	4個

因此該表非常簡單且很小，但它可以讓您了解我的數據集是什么樣子的。 我如何使用此數據在 R 上創建一個 phylog.netic 樹。我主要希望根據類型拆分樹，並計划使用 Cont1、Cont2 等手動更改分支長度

Answer 1

所以我想出了一種漫長而乏味的方法，但它的工作原理如下所示。

mytreenew<- ape::read.tree(text = '(Hetero,((Kentro,(Tuo,(Stenops))),(Dyoplo,((psitto1, psitto2, psitt3,(korea,(aurora,(lepto1, lepto2,(Centro))))),(Diluvi,(Tenon1, Tenon2,(Campto,(Iguano, Our1, Our2,(Tethy, (Magna, (Lambeo, (Cory,(Gobi1, Gobi2))))))))))))),((Plateo,(lufengo,((Mamenchi1, mamenchi2), (omei1, omei2, omei3),((Apato1,Apato2,(diplo, seismosaurus)),(Camar,((Giraffatitan,(Lusotitan,(Huabei,(Astropho,(Patago))))),(Tasta,(Opistho1,Opishto2,((Moz, Dread)))))))))));')
plot(mytreenew)