在 R 中分配不同的顏色參數后，散射 plot 為空

Question

我有一個數據集 (df)，其中包含 111 個數據點，這些數據點分配給三個分類類別，分別標記為“聲學”、“視覺”和“兩者”。

bft swell depth      dist boats     type
1   1   1.0    10 0.5249928     0 Acoustic
2   1   2.0    13 1.3942633     0 Acoustic
3   1   0.5    10 0.5064976     0 Acoustic
4   2   0.5    16 2.9369194     2 Acoustic
5   2   0.5    14 2.8161770     0 Acoustic
6   1   0.5    15 2.5131418     0 Acoustic

我有五個特征參數，我想用它們來對這些類進行聚類。 數據沒有很好地聚類，我可以通過散點圖 plot 看到這一點（沒關系），但是當我嘗試對這些圖進行顏色編碼時，它返回空白圖。 即使它們不能很好地聚集，我覺得它仍然應該是 plot 顏色。 我對此很陌生，所以我可能錯過了一些東西。 有人可以幫幫我嗎？ 下面是我使用的代碼，我還附上了我的散點圖 plot 的圖片，不帶顏色。

df <- porpoise[,c("bft", "swell", "depth", "dist", "boats", "type")]
pairs(df[,1:5], pch = 15, lower.panel = NULL)
my_cols <- c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07") 

pairs(df[,1:5], pch = 19,  cex = 0.5,
      col = my_cols["type"],
      lower.panel=NULL)

當我嘗試對此數據集進行試驗聚類分析時，發生了同樣的事情，但在運行 det_col 行“強制引入的 NAs”后出現此警告

df2 <- df[,-6]
detection_type <- df[,6]
library(colorspace)
det_col <- rev(rainbow_hcl(3))[as.numeric(detection_type)]

我覺得這與無法進行顏色編碼的情節有關（如果這有助於解開謎團）。

謝謝

Answer 1

嘗試添加一個列，為每種類型提供 my_cols 的顏色，並將該列成pairs分配給col ，如下所示：

porpoise <- read.table(text = "bft swell depth      dist boats     type
1   1   1.0    10 0.5249928     0 Acoustic
2   1   2.0    13 1.3942633     0 Acoustic
3   1   0.5    10 0.5064976     0 Acoustic
4   2   0.5    16 2.9369194     2 Acoustic
5   2   0.5    14 2.8161770     0 Acoustic
6   1   0.5    15 2.5131418     0 Acoustic", header = TRUE)

df <- porpoise[,c("bft", "swell", "depth", "dist", "boats", "type")]
pairs(df[,1:5], pch = 15, lower.panel = NULL)

my_cols <- c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07") 

library(dplyr)
df <- df %>%
  mutate(color = case_when(type == "Acoustic" ~ my_cols[1],
                           type == "Visual" ~ my_cols[2],
                           type == "Both" ~ my_cols[3]))

pairs(df[,1:5], pch = 19,  cex = 0.5,
      col = df$color,
      lower.panel=NULL)

^{由代表 package (v2.0.1) 於 2022 年 8 月 13 日創建}

請注意：它只顯示一種顏色，因為您只共享了“聲學”類型。