帶日期軸的網絡圖

Question

我想創建一個 X 軸及時固定的定向網絡可視化。

假設我有以下數據：

節點

ID	Label	日期
1	一個	2022-02-01
2	b	2022-03-13
3	c	2022-03-22
4	d	2022-04-20

邊緣

從	至
1	2
3	1
3	4

我想創建一個如下所示的可視化：

我嘗試使用 ggraph，但我很難根據日期修復 X 軸。

歡迎任何建議！

下面是一些啟動代碼：

library(tidyverse)
library(tidygraph)
#> 
#> Attaching package: 'tidygraph'
#> The following object is masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter
library(ggraph)

nodes <- tibble(id=1:4,label=letters[1:4], date=as.Date(c("2022-02-01", 
                                                          "2022-03-13", 
                                                          "2022-03-22", 
                                                          "2022-04-20")))
nodes
#> # A tibble: 4 × 3
#>      id label date      
#>   <int> <chr> <date>    
#> 1     1 a     2022-02-01
#> 2     2 b     2022-03-13
#> 3     3 c     2022-03-22
#> 4     4 d     2022-04-20
edges <- tibble(from = c(1L, 3L, 3L),
                  to = c(2L, 1L, 4L))
edges
#> # A tibble: 3 × 2
#>    from    to
#>   <int> <int>
#> 1     1     2
#> 2     3     1
#> 3     3     4

graph <- tbl_graph(nodes = nodes, edges = edges, directed=TRUE)
graph
#> # A tbl_graph: 4 nodes and 3 edges
#> #
#> # A rooted tree
#> #
#> # Node Data: 4 × 3 (active)
#>      id label date      
#>   <int> <chr> <date>    
#> 1     1 a     2022-02-01
#> 2     2 b     2022-03-13
#> 3     3 c     2022-03-22
#> 4     4 d     2022-04-20
#> #
#> # Edge Data: 3 × 2
#>    from    to
#>   <int> <int>
#> 1     1     2
#> 2     3     1
#> 3     3     4

ggraph(graph) + 
  geom_edge_link(end_cap = circle(3, 'mm'),
                 arrow = arrow(length = unit(4, 'mm'))) +  
  geom_node_label(aes(label = label))
#> Using `tree` as default layout

^{使用reprex v2.0.2創建於 2022-09-07}

Answer 1

您可以使用create_layout獲取包含 x 和 y 位置的數據框。 只需將date列復制到create_layout output 的x列中。 這個 object 可以作為 ggraph 的數據ggraph ：

my_layout <- create_layout(graph, "tree")
my_layout$x <- my_layout$date

ggraph(my_layout) + 
  geom_edge_link(end_cap = circle(3, 'mm'),
                 arrow = arrow(length = unit(3, 'mm'))) +  
  geom_node_label(aes(label = label), label.r = unit(4, "mm"), size = 8) +
  scale_x_date(limits = as.Date(c("2022-01-01", "2022-06-30")),
               date_breaks = "month", date_labels = "%b", name = NULL) +
  scale_y_reverse(name = NULL) +
  theme_classic(base_size = 20) +
  theme(axis.line.y = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.text.y = element_blank())