nlme::lme() 中隨機術語語法的解釋

Question

我正在嘗試確定治療是否對兩個timepoints （兩個時間點 x 三個treatment ）之間的微生物組diversity有顯着影響。
有人可以解釋一下如何使用 R 中的nlme庫使用線性混合模型R嗎？
特別是如何隨着時間的推移處理同一主題的重復采樣。

我已經看到使用了以下三種語法，但並不真正理解它們之間的區別。

model1 <- lme(diversity ~ treatment * timepoint,
               random = ~ 1 | mouseID,
               data = alpha_df)

model2 <- lme(diversity ~ treatment * timepoint,
               random = ~ timepoint | mouseID,
               data = alpha_df)

model3 <- lme(shannon ~ treatment * timepoint,
               random = ~ 1 + timepoint | mouse,
               data = alpha_df)

我認為model3 適合我使用，但我不確定。

提前致謝！

Answer 1

~ 1 | mouse ~ 1 | mouse意思是“每只鼠標一次攔截”。 有一個主要的固定截距（實際上有三個截距，每個處理一個），小鼠的隨機截距正態分布在主要截距周圍。

~ timepoint | mouse ~ timepoint | mouse與~ 1 + timepoint | mouse相同 ~ 1 + timepoint | mouse 。 它意味着“每只鼠標一條回歸線（即截距和斜率）”。 有一個主斜坡（實際上是三個主斜坡，因為與處理的交互項），隨機斜坡通常分布在主斜坡周圍。

所以“最大的”model 是~ 1 + timepoint | mouse ~ 1 + timepoint | mouse 。 如果有生物學理由表明小鼠在時間 0 具有相同的多樣性值，則可以放棄截距： random = ~ 0 + timepoint 。