我們可以使用 normCounts(RUVr) output 來計算 TPM 嗎？

Question

我已經使用RUVr()來更正我的數據中的批次，現在我想使用更正后的表來計算 TPM。

我可以使用normCounts()為 TPM 提取批量校正數據嗎？

Answer 1

RUVSeq package 中的 normCounts function 不是提取批校正數據，而是設計用於標准化讀取計數。

可以借助 calcNormFactors function 獲得每個樣本的歸一化因子，然后您可以使用它來計算數據的 TPM（每百萬轉錄本）值。 這是一個例子：

library(RUVSeq)

# Your batch-corrected data
bc_data <- # ...

# Obtain normalization factors
factors <- calcNormFactors(bc_data)

# Calculate TPM values
tpm_values <- tpm(bc_data, factors)