lme4混合模型錯誤

Question

以下型號有什么問題：

 # simulated data yr = 2; vg = 4, fm = 5, gen = 5
    mbb <- data.frame( trait1 = rnorm(200, 15, 4),yr = c(rep (1:2, each = 100)), 
   vg = c(rep(rep(1:4, each =25), 2)), fm = rep(rep(1:5, each = 5), 8), 
    gen = sample(c(1:5), 200, replace = T))
    require(lme4) 
    lmer(trait1 ~ (yr + vg + gen)^3 + (yr + vg + gen|fm:vg), data= mbb)# full model 

我收到以下錯誤：

Error in validObject(.Object) : 
  invalid class "mer" object: Slot Zt must by dims['q']  by dims['n']*dims['s']
In addition: Warning messages:
1: In fm:vg : numerical expression has 200 elements: only the first used
2: In fm:vg : numerical expression has 200 elements: only the first used

Answer 1

問題恰恰在於fm和vg存儲為數字而不是因子，因此lmer嘗試將fm:vg解釋為序列運算符（請參閱?seq ）而不是交互運算符（請參閱?interaction ）。 您可以：

• 將fm和vg轉換為數據幀內的因子（ mbb <- transform(mbb,vg=factor(vg),fm=factor(fm)) ）[ 從您的設置中不清楚您是否希望vg和fm為因子或連續的預測因子......當然，這種區別非常重要......如果你想要它們作為連續的預測因子，那么將它們視為分組目的的因素有點奇怪...... ]
• 將交互明確地寫為interaction(fm,vg)
• 轉換為動態因素（ (yr+vg+gen|factor(fm):factor(vg)) ）

• 使用Jim M.的解決方案

  我認為這些都可行，但我必須承認我沒有測試它們。

Answer 2

將交互建模為隨機效應的一種可能解決方案是將交互項添加為mbb數據框中的附加列。

mbb$fmvg <- with(mbb, interaction(fm,vg, sep=":"))

然后模型變成了

lmer(trait1 ~ (yr + vg + gen)^3 + (yr + vg + gen|fmvg), data= mbb)