如何用R中的igraph計算加權度分布？

Question

考慮一個數據幀df ，其中前兩列是節點對，連續列V1 ， V2 ，...， Vn表示節點之間的流（可能為0，暗示該列的網絡沒有邊緣）。 我想使用流量作為權重來進行度，社區檢測和其他網絡測量的分析。

然后分析關於V1權重的圖表：

# create graph and explore unweighted degrees with respect to V1
g <- graph.data.frame( df[df$V1!=0,] )
qplot(degree(g))
x <- 0:max(degree(g))
qplot(x,degree.distribution(g))

# set weights and explore weighted degrees using V1
E(g)$weights <- E(g)$V1
qplot(degree(g))

第三個qplot的輸出與第一個沒有什么不同。 我究竟做錯了什么？

更新：

所以graph.strength是我正在尋找的，但在我的情況下graph.strength(g)給出了標准度輸出，后跟：

Warning message:
In graph.strength(g) :
At structural_properties.c:4928 :No edge weights for strength calculation,
normal degree

我必須正確設置重量，不足以做E(g)$weights <- E(g)$V1以及為什么g$weights與E(g)$weights g$weights不同？

Answer 1

函數graph.strength可以使用權weights參數給出權重向量。 我認為你的代碼出了什么問題，你應該調用權重屬性E(g)$weight而不是E(g)$weights 。

Answer 2

我通過獲取degree.distribution代碼並進行一次更改，為我自己的代碼創建了一個等效的degree.distribution函數用於加權圖：

graph.strength.distribution <- function (graph, cumulative = FALSE, ...)
{
  if (!is.igraph(graph)) {
    stop("Not a graph object")
  }
  # graph.strength() instead of degree()
  cs <- graph.strength(graph, ...)
  hi <- hist(cs, -1:max(cs), plot = FALSE)$density
  if (!cumulative) {
    res <- hi
  }
  else {
    res <- rev(cumsum(rev(hi)))
  }
  res
}