[英]Strange error of Hierarchical Clustering in R
我的R程序如下:
hcluster <- function(dmatrix) {
imatrix <- NULL
hc <- hclust(dist(dmatrix), method="average")
for(h in sort(unique(hc$height))) {
hc.index <- c(h,as.vector(cutree(hc,h=h)))
imatrix <- cbind(imatrix, hc.index)
}
return(imatrix)
}
dmatrix_file = commandArgs(trailingOnly = TRUE)[1]
print(paste('Reading distance matrix from', dmatrix_file))
dmatrix <- as.matrix(read.csv(dmatrix_file,header=FALSE))
imatrix <- hcluster(dmatrix)
imatrix_file = paste("results",dmatrix_file,sep="-")
print(paste('Wrinting results to', imatrix_file))
write.table(imatrix, file=imatrix_file, sep=",", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=FALSE)
print('done!')
我的輸入是距離矩陣(當然是對稱的)。 當我執行上面的程序時,距離矩陣大於大約數千條記錄(幾百條沒有發生),它給了我錯誤信息:
Error in cutree(hc, h = h) :
the 'height' component of 'tree' is not sorted
(increasingly); consider applying as.hclust() first
Calls: hcluster -> as.vector -> cutree
Execution halted
我的機器有大約16GB的RAM和4CPU,所以它不會是資源問題。
誰能告訴我這是什么問題? 謝謝!!
您可以嘗試為組數添加k scaler,這將覆蓋height參數。 如果不是,你可以查看hc $ height是什么,因為如果它不是數字,復雜,字符或邏輯向量,is.unsorted將返回true並給你這個錯誤。
if(is.null(k)) {
if(is.unsorted(tree$height))
stop("the 'height' component of 'tree' is not sorted (increasingly)")
## h |--> k
## S+6 help(cutree) says k(h) = k(h+), but does k(h-) [continuity]
## h < min() should give k = n;
k <- n+1L - apply(outer(c(tree$height,Inf), h, ">"), 2, which.max)
if(getOption("verbose")) message("cutree(): k(h) = ", k, domain = NA)
}
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