Numpy從指定點找到3d坐標距離

Question

我正在努力從python中的指定點找到3D距離。 現在，我正在使用for循環。 但計算速度有點慢。

這是python代碼：

    for i_y in xrange(0,500,100):
        y = round(i_y/100.00,2)

        for i_x in xrange(0, 800, 1):
            x = round(i_x/100.00,2)

            for i_z in xrange(500, 0, -1):
                z = round(i_z/100.00,2)

                    for key in specifiedPoints.keys():
                    a = specifiedPoints[key]

                        subx1 = x-a.p1.x
                        suby1 = y-a.p1.y
                        subz1 = z-a.p1.z
                        subx2 = x-a.p2.x
                        suby2 = y-a.p2.y
                        subz2 = z-a.p2.z
                        subx3 = x-a.p3.x
                        suby3 = y-a.p3.y
                        subz3 = z-a.p3.z

                        distver1 = math.sqrt(subx1*subx1+suby1*suby1+subz1*subz1)
                        distver2 = math.sqrt(subx2*subx2+suby2*suby2+subz2*subz2)        
                        distver3 = math.sqrt(subx3*subx3+suby3*suby3+subz3*subz3)

                        if distver1 <= 1 or distver2<=1 or distver3<=1:
                            print "close point:", x, y, z

我工作了很多，但我找不到一個明確的教程，顯示numpy中的相等循環。

我怎么能在numpy中加速循環呢？

謝謝

Answer 1

你的arange函數可以直接返回你為x，y和z計算的值，這將節省大量的計算。 根本不需要圓函數。 你運行循環5 * 800 * 500 = 2.000.000次，每次除以100並循環。 最好這樣做：

    for y in np.arange(0,5,1):
        for x in np.arange(0,8,0.01):
            for z in np.arange(5,0,-0.01):

收集一個數組中的點，如下面的代碼所示。

    point = np.array([x,y,z])
    a1 = np.array([a.p1.x,a.p1.y,a.p1.z])
    a2 = np.array([a.p2.x,a.p2.y,a.p2.z])
    a3 = np.array([a.p3.x,a.p3.y,a.p3.z])

    if np.linalg.norm(point-a1) <=1:
        print point
        continue
    if np.linalg.norm(point-a2) <=1:
        print point
        continue
    if np.linalg.norm(point-a3) <=1:
        print point
        continue

最好將點直接存儲為對象specifiedPoints [key]中的numpy數組，而不是在每個循環中反復收集它們。 這會給你這個代碼：

    point = np.array([x,y,z])

    if np.linalg.norm(point-a.p1) <=1:
        print point
        continue
    if np.linalg.norm(point-a.p2) <=1:
        print point
        continue
    if np.linalg.norm(point-a.p3) <=1:
        print point
        continue

Answer 2

我會看看scipy.spatial.distance ，尤其是cdist和pdist方法：

http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/spatial.distance.html