將行轉換為列

Question

我有一個如下所示的行文件，並希望轉換為兩列格式。

>00000_x1688514
TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968
TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA
...

期望的輸出是

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968 TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA
...

我將不勝感激任何幫助。 謝謝。

Answer 1

我不知道您是否了解BioPerl模塊的讀/寫和其他遺傳功能。 你的問題可以像這樣寫。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;

my $file = 'o33.txt';
my $in  = Bio::SeqIO->new( -file   =>  $file,
                           -format => 'fasta');

while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
    print $seq->id, "\t", $seq->seq, "\n";
}

__END__
00000_x1688514  TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
00001_x238968   TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

Answer 2

在python中：

fd = open('filepath')
cols = izip(fd, fd)
with open('output_filepath') as outfile:
    for col in cols:
        outfile.write('\t'.join(col).replace('\n', '') +'\n')

所需的輸出應該在output_filepath

Answer 3

另一個Perl選項是將記錄分隔符設置為“>”，一次讀取兩行，然后用換行符替換選項卡：

use Modern::Perl;

local $/ = '>';
do { s/\n/\t/; print }
  for <DATA>;

__DATA__
>00000_x1688514
TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968
TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

輸出：

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968  TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

對於文件：

use Modern::Perl;
use autodie;

open my $inFile,  '<', 'inFile.txt';
open my $outFile, '>', 'outFile.txt';

local $/ = '>';
do { s/\n/\t/; print $outFile $_ }
  for <$inFile>;

close $inFile;
close $outFile;

希望這可以幫助！

Answer 4

一種方法：

perl -i -pe 's/\n/ / unless m/^[ACGT]+$/' FILENAME

這將就地編輯文件FILENAME ，用不是A，C，G和T字符串的每一行中的空格替換換行符。

Answer 5

使用awk ：

awk '{ printf "%s", $0 (substr( $0, 1, 1 ) == ">" ? " " : ORS) }' infile

輸出：

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968 TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

Answer 6

在Ruby中我會使用類似的東西：

File.readlines('test.txt').map(&:strip).each_slice(2) do |row|
  puts row.join(' ')
end

哪個輸出：

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968 TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

Answer 7

更整潔的Python解決方案：

from itertools import izip

with open('test.txt') as inf, open('newtest.txt', 'w') as outf:
    for head,body in izip(inf, inf):
        outf.write(head.rstrip() + ' ' + body)

Answer 8

假設輸入是真正的FASTA格式，您可以使用awk和getline函數：

awk '/^>/ { printf "%s ", $0; getline; print }' file.txt

輸出：

>00000_x1688514 TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
>00001_x238968 TGCTTGGACTACATATTGTTGAGGGTTGTA

HTH