R中未使用的參數和無效的下標類型列表錯誤

Question

我正在為一項任務而苦苦掙扎，我希望您的投入。 注意：這是一項家庭作業，但是當我嘗試添加標簽時說不要添加標簽。.我不想要生成的代碼，只是有關如何使它工作的建議:)

所以，我有這樣一個t.test函數：

    my.t.test <- function(x,s1,s2){
        x1 <- x[s1]
        x2 <- x[s2]
        x1 <- as.numeric(x1)
        x2 <- as.numeric(x2)
        t.out <- t.test(x1,x2,alternative="two.sided",var.equal=T)
out <- as.numeric(t.out$p.value)
        return(out)
    }

矩陣30cols x 12k行，稱為data以及一個注釋文件，其中包含col名稱和列上名為dataAnn列中的數據

dataAnn第一列包含M（男性）或F（女）對應於樣本（或COLS）的列表data （后面的順序相同dataAnn ），我必須運行一個t.test比較這兩個樣本和得出p值

當我打電話

raw.pValue <- apply(data,1,my.t.test,s1=dataAnn[,1]=="M",s2=dataAnn[,1]=="F")

我得到錯誤

Error in t.test(x1, x2, alternative = "two.sided", var.equal = T) : 
  unused argument(s) (alternative = "two.sided", var.equal = T)

我什至嘗試使用

raw.pValue <- apply(data,1,my.t.test,s1=unlist(data[,1:18]),s2=unlist(data[,19:30]))

划分我要比較的列，但是在這種情況下，我得到了錯誤

Error in x[s1] : invalid subscript type 'list'

我一直在網上尋找，我知道第二個錯誤是由索引作為列表引起的...但是這並沒有真正為我澄清它...任何輸入將不勝感激！

Answer 1

您已經覆蓋了t.test函數。 嘗試調用類似my.t.test類的my.t.test ，或者當您想調用原始名稱時，請使用stats::t.test （這會從stats名稱空間中調用該名稱）。 請記住，當您覆蓋一個函數時，需要先從工作空間中rm該函數，然后才能使用原始函數而不指定名稱空間。