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NIFTI 數據對 Conv3D 大小沒有意義？

[英]Conv3D size doesn’t make sense with NIFTI data?

所以我正在為醫學圖像編寫自定義數據集，with.nii（NIFTI1 格式），但存在混淆。 我的數據加載器返回形狀torch.Size (1,1,256,256,51) 。 但是 NIFTI 卷使用解剖軸，不同的坐標系，因此置換軸沒有任何意義，我通常會使用由 2D 圖像組成的卷，每個圖像分別存儲在 ...

使用 NiftyNet 對口腔照片進行腫瘤分類

[英]Using NiftyNet for oral cavity photos to classify a tumor

我很清楚我不是在問一個具體的問題。 但我正在尋求有關如何使用 NiftyNet 進行醫學成像工作的 go 的指導。 這肯定會讓我有能力做一些工作並就尖銳的問題尋求幫助（他們一定會來）。 我不了解醫學成像和使用 niftynet 進行分類。 我正在嘗試使用此數據集和預訓練模型提出一個簡單的分類任務。 ...

更改CNN以使用3D卷積

[英]Changing CNN to work with 3D convolutions

我正在處理來自這里的代碼（ 這里是紙 ）創建一個GAN。 我正在嘗試將其應用於新域，從他們在MNIST上的應用程序切換到3D腦MRI圖像。 我的問題在於定義GAN本身。 例如，他們用於定義生成模型的代碼（采用維度z_dim的噪聲並從MNIST分布生成圖像，因此28x28）就是這樣，我的 ...

在並行卷積層中共享權重

[英]Sharing weights in parallel Convolutional Layer

目前，我正在使用NiftyNet開發新的網絡，需要一些幫助。 我正在嘗試實現本文提出的自動對焦層[1] 。 但是，在某一點上，自動聚焦層需要計算K（K = 4）個並行卷積，每個並行卷積都使用相同的權重（w），然后將四個輸出連接起來。 是否有辦法在NiftyNet中創建四個並行卷積 ...

2019-06-30 12:11:40   1   56    niftynet  
如何在NiftyNet中訓練數據

[英]How to train data in NiftyNet

我正在嘗試用我自己的數據（CT圖像及其相應的標簽）使用NiftyNet訓練網絡。 我在使用類似的樣本數據進行了一些其他培訓之后不久設計了Net類，我可以找到所有NiftyNet文檔，並調整了我自己數據的參數。 但我一直收到這個錯誤： “TypeError： init （）得到了一個 ...

使用來自 niftynet 的預訓練模型時遇到問題

[英]Trouble using pre-trained model from niftynet

我想使用dense_vnet可用的dense_vnet模型進行2 類分割， dense_vnet模型最初進行9 類分割 我嘗試根據此建議通過更改配置文件來僅重新訓練最后一層： 如何微調 niftynet 預訓練模型以用於自定義數據 錯誤： tensorflow.python.framew ...

閾值Otsu：AttributeError：'AxesSubplot'對象沒有屬性'ravel'

[英]Threshold Otsu: AttributeError: 'AxesSubplot' object has no attribute 'ravel'

我加載了漂亮的文件（這些文件也是從.pack CT掃描轉換而來的）。 我的目標是使用閾值otsu算法從背景中屏蔽它並比較兩個圖像。 當我嘗試繪圖時出現錯誤 下面是代碼，並隨附了屏幕截圖。 ...

如何為自定義數據微調 niftynet 預訓練模型

[英]How to fine tune niftynet pre trained model for custom data

我想使用 niftynet 預訓練分割模型來分割自定義數據。 我下載了預先訓練的權重並修改了 model_dir 路徑來下載一個。 但是當我跑 我收到以下錯誤。 https://github.com/tensorflow/models/issues/5390上面的鏈接說要添加 有人可 ...

2019-02-13 07:17:28   1   293    niftynet  
導入錯誤：無法導入名稱 '_get_logger' Niftynet

[英]ImportError: cannot import name '_get_logger' Niftynet

我正在嘗試在我的 PC 上運行 Niftynet。 但它一直顯示這個錯誤。 我有一個用於 tensorflow 的 CPU 版本並且它工作正常。 之后我安裝了 tensorflow-gpu，現在它停止工作了。 請注意 import tensorflow as tf 工作正常，所以我不確定現在要做什 ...

T1中的niftynet文件名為空

[英]niftynet filename in T1 is empty

引發ValueError 我一直在使用NiftyNet，並且之前一直在使用它，但是最近我遇到了這個問題，因為它無法識別我認為的T1或T2圖像？ 因為傳遞到[T1]的文件名列表列為空，所以引發了valueerror，但是從圖片中您可以看到它可以識別16個主題，以前是8個 我還包括了以 ...

Niftynet如何處理多GPU訓練

[英]How does Niftynet handle multiple-gpu training

我正在使用Niftynet使用2個GPU訓練CNN。 據我了解，每個GPU都是獨立訓練的，因為每次迭代都會得到兩個損失值。 兩個GPU的結果是否在推理時結合在一起？ 我曾經相信使用多個GPU會減少訓練時間，但在Niftynet中似乎並非如此。 ...

2018-12-18 10:38:17   1   55    niftynet  
niftynet運行中推斷部分的輸出

[英]output of inference section in niftynet run

我似乎找不到推論模型的位置，我有.csv文件，可以看到丟失的信息，但是我找不到標簽文件或圖像本身。 這是我的推斷部分： 邊框=（44,44,44） output_interp_order = 0 根據文檔，我應該將推理輸出放在輸出文件夾中，我相信這是在SYSTEM部分中編寫的m ...

2018-11-30 21:36:27   1   30    niftynet  
NiftyNet插補順序

[英]NiftyNet Interpolation order

在NiftyNet框架中-配置文件中interp_order參數的用途是什么？ 文檔中的解釋很短，還不夠清楚。 為什么通常在標簽部分設置為0，在圖像部分設置為3。 ...

NiftyNet找不到用於多類細分的多個標簽

[英]NiftyNet cannot find multiple labels for multiclass segmentation

我正在運行3類分割問題，我的Label圖像為“ 0（很多），1（有些），2（有些）”。 但是我意識到當NiftyNet讀取圖像時，它只有0/1兩個值。 當打開label_normalization時，ref.txt文件顯示“ label from 0,1 to 0,1”； 如果我將其關閉， ...

在 niftynet 上實現遷移學習

[英]Implement transfer learning on niftynet

我想使用 Dense V-Net 架構實現遷移學習。 在我搜索如何執行此操作時，我發現此功能目前正在開發中（ 如何在 NiftyNet 中實現遷移學習？ ）。 雖然從那個答案很明顯沒有直接的方法來實現它，但我試圖： 1) 創建密集 V-Net 2) 從 .ckpt 文件中恢復權重 3）自 ...

使用 NiftyNet 進行分類

[英]Classification with NiftyNet

我正在嘗試使用 NiftyNet 運行分類。 我想進行培訓，我有一個帶有圖像的訓練集，並為它們分配了一個類，例如 image1 ->cancer 和 image2 -> nocancer。 基本上我沒有面具，似乎如果我想運行分類，我需要有帶有標記體素的面具來運行分類訓練。 我假設這是基於 ...

2018-10-24 22:05:28   1   597    niftynet  
具有密集 vnet 的 niftynet 多類 3D 分割

[英]niftynet multi-class 3D segmentation with dense vnet

神經網絡新手在這里。 我一直在測試 Niftynet，並使用dense_vnet 在自己的 MRI 數據集上實現了不錯的單類 3D 分割預測。 但是，當我嘗試添加第二個標簽時，我運氣不佳。 網絡似乎發現了正確的器官，但無法擺脫額外的偽影，就好像它無法擺脫局部最小值或沒有足夠的自由度或其他東西一樣。 ...


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