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如何在 PubChemPy 中獲取元素的名稱？

[英]How to get the name of an element in PubChemPy?

您能否告訴我是否可以在 PubChemPy 中獲取元素的名稱？ 我在可以按名稱找到 PubChem CID 的文檔中找到： 但我需要反過來，通過 CID 來查找元素的名稱。 也許有人知道該怎么做？ ...

嘗試使用 df.merge 時出錯：“您正在嘗試合並 object 和 int64 列”

[英]Error when trying to use df.merge: "You are trying to merge on object and int64 columns"

我目前正在嘗試編寫一個程序，該程序采用化合物的標識符（稱為 CID 編號），然后使用 pubchempy 文檔返回化合物的屬性。 但是，當我嘗試將從 pubchempy 獲得的數據值合並到初始數據庫時，我不斷收到錯誤消息。 這是我現在寫的代碼： 但是，我收到一條錯誤消息，上面寫着，ValueErr ...

如何對數據框列使用 pandas 的 df.get 函數，以便列中的每一行都保持自己的值？

[英]How to use pandas' df.get function for a dataframe column so that each row in the column maintains its own value?

為了盡可能簡潔地總結，我有一個數據文件，其中包含化合物列表及其 ID 號（“CID”號）。 我的目標是使用 pubchempy 的 pubchempy.get_properties 函數和 pandas 的 df.map 函數，以使用“CID”編號作為標識符，從本質上獲取每個化合物的屬性（每行一個化 ...

有沒有辦法將函數應用於列中的所有值，然后用新值替換列值？

[英]Is there a way to apply a function to all the values in a column and then replace the column values with the new values?

本質上，我正在讀取一個包含一堆化合物的 csv 文件，並且我正在嘗試將 pubchempy.get_properties 函數應用於包含每種化合物的 CID（標識符）編號的 CID 列。 但是，我無法讓它工作。 奇怪的是我沒有收到任何錯誤（我最初確實得到了一些錯誤，並且有點修改它以嘗試修復它們）， ...

使用 Selenium 從 pubchem 網站獲取號碼

[英]Getting a number from pubchem site with Selenium

我正在使用以下代碼在 pubchem 網站上進行搜索。 我需要從搜索結果的屏幕中獲取“復合 CID：”編號，但我無法獲取。 我需要這方面的幫助。 ...

類型錯誤：get_properties() 缺少 1 個必需的位置參數：“標識符”

[英]TypeError: get_properties() missing 1 required positional argument: 'identifier'

我一直在嘗試使用 PubChemPy 在 python 上找出這個錯誤，但我被卡住了。 我正在嘗試輸入化學品列表並生成 Canonical Smiles 信息以獲取大約 200 種化學品的列表。 這是我正在使用的代碼 任何幫助，將不勝感激 ...

具有相關特性的化學品數據庫？

[英]Database of chemicals with associated properties?

我認為 pubchem 這里有我需要的東西，我想要一個數據庫，它是 - 或可以轉換成 - 化學標識符表：學校項目的一系列屬性。 問題是，pubchem 太大，他們提供的唯一我知道如何解碼的文件是 XML（他們還提供 SDF 和 ASN，鏈接如下： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.go ...

從 pubchem 下載 json 文件

[英]Download json-file from pubchem

我的任務是僅使用查詢字符串（例如 h2o）和 JS 從網站（pubchem）下載 json 文件。 我知道可以進行解析，但是代碼太多了，因為我需要解析很多頁面才能獲得目的地。 有沒有其他選擇可以解決這個問題？ 使用谷歌沒有給我任何想法）： ...

如何解析這樣的 JSON 文件？

[英]How to parse a JSON file like this?

我想解析這個 JSON 文件。 用第二列作為 Canonical SMILES 和第三列作為 Isomeric SMILES 得到類似的東西。 有人可以告訴我如何在 jq 中以最好的方式做到這一點嗎？ ...

Rvest Web Scrap返回空字符

[英]Rvest web scrape returns empty character

我現在想從化學數據庫中使用R檢索一些數據，主要是name ， CAS Number和molecular weight 。 不過，我有麻煩rvest提取我正在尋找的信息。 這是我到目前為止的代碼： 但是，當我嘗試創建name_html ，R僅返回字符（空）。 我正在使用Selecto ...

看似簡單的rpubchem交互功能會產生錯誤

[英]seeming simple rpubchem interactive function produces error

R代碼的以下幾行產生斜體錯誤。 除非我做的很蠢，否則這似乎是一個rpubchem錯誤： 輸出： 有人知道這是怎么回事嗎？ ...

2016-08-23 21:55:22   1   64    r / pubchem  
R：從Pubchem解析JSON / XML導出的復合屬性

[英]R: parse JSON/XML exported compound properties from Pubchem

我想使用JSON（或XML）導出工具來解析R中Pubchem中給定化合物的所有化學性質。 示例：ALPHA-IONONE，pubchem化合物ID 5282108 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5282108 要么 ...

R中的CAS注冊表到Pubchem cid標識符的轉換

[英]CAS registry to Pubchem cid identifier conversion in R

許多化學家面臨的一個煩人的問題是將化學葯品的CAS登記號（存儲在一些不易獲得的商業數據庫中）轉換為Pubchem標識符（公開可用）。 Pubchem支持在兩者之間進行轉換，但只能通過其手動Web界面進行轉換，而不能通過其官方的PUG REST編程界面進行轉換。 在此基於e-utiliti ...

如何使用httpClient在Java中過濾XML文件的各個部分

[英]How to use httpClient to filer parts of an xml file in Java

我目前正在做一個項目，我必須從代​​謝物數據庫PubChem中請求數據。 我正在使用Apache的HttpClient。 我正在執行以下操作： 問題在於此代碼將流化整個XML文件： 等等 我想要的是，例如，我可以請求PubChem ID，它將粘貼與該ID相對應的值。 ...

將PubChem數據庫導入mysql

[英]PubChem database into mysql

我想下載pubchem物質數據庫並將所有信息放入MySQL數據庫。 這是可能的，如果是這樣的話怎么樣？ 是否有自動更新數據庫的腳本？ ...

如何將 Pubchem(NCBI) 提供的數據中提到的所有 IUPAC 名稱提取到文本文件中？

[英]How to extract all the IUPAC names mentioned in the data available from Pubchem(NCBI) into a text file?

我想從 Pubchem 數據庫中提到的所有 IUPAC 名稱中構建一些長度的前綴和后綴列表，以便我可以在我的項目中進一步將它們用作功能。所以我想要所有 IUPAC 化學名稱在一個文本文件中或我可以提取這些列表的某種格式。 ...


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