R软件包“ rgl”无法安装
[英]R package “rgl” fails to install
问题描述
I'm having trouble installing the package 'rgl'. 
我在安装软件包“ rgl”时遇到问题。
I'm also curious about the g++ DNDEBUG messages that get printed (these messages seem to come up everytime I install a new package). 我也对打印出来的g ++ DNDEBUG消息感到好奇（这些消息似乎在每次安装新软件包时都会出现）。
Here is the printout when I try install.packages("rgl"): 这是我尝试install.packages（“ rgl”）时的打印输出：
* installing *source* package ‘rgl’ ...
** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc -std=gnu99
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E
checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99
checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed
checking whether __attribute__((visibility())) is supported... yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -fvisibility... yes
checking whether accepts -fvisibility... no
checking for libpng-config... yes
configure: using libpng-config
configure: using libpng dynamic linkage
checking for X... libraries , headers
checking GL/gl.h usability... yes
checking GL/gl.h presence... yes
checking for GL/gl.h... yes
checking GL/glu.h usability... yes
checking GL/glu.h presence... yes
checking for GL/glu.h... yes
checking for glEnd in -lGL... yes
checking for gluProject in -lGLU... yes
checking for freetype-config... yes
configure: using Freetype and FTGL
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c ABCLineSet.cpp -o ABCLineSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c BBoxDeco.cpp -o BBoxDeco.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Background.cpp -o Background.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c ClipPlane.cpp -o ClipPlane.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Color.cpp -o Color.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Disposable.cpp -o Disposable.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Light.cpp -o Light.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c LineSet.cpp -o LineSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c LineStripSet.cpp -o LineStripSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Material.cpp -o Material.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c NULLgui.cpp -o NULLgui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c PlaneSet.cpp -o PlaneSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c PointSet.cpp -o PointSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c PrimitiveSet.cpp -o PrimitiveSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RenderContext.cpp -o RenderContext.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Shape.cpp -o Shape.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c SphereMesh.cpp -o SphereMesh.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c SphereSet.cpp -o SphereSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c SpriteSet.cpp -o SpriteSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c String.cpp -o String.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Surface.cpp -o Surface.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c TextSet.cpp -o TextSet.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Texture.cpp -o Texture.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Viewpoint.cpp -o Viewpoint.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c api.cpp -o api.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c assert.cpp -o assert.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c callbacks.cpp -o callbacks.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c device.cpp -o device.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c devicemanager.cpp -o devicemanager.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c fps.cpp -o fps.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c ftgl.cpp -o ftgl.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c geom.cpp -o geom.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c gl2ps.c -o gl2ps.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c glErrors.cpp -o glErrors.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c glgui.cpp -o glgui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c gui.cpp -o gui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c init.cpp -o init.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c par3d.cpp -o par3d.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c pixmap.cpp -o pixmap.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c platform.cpp -o platform.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c pretty.c -o pretty.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c render.cpp -o render.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c rglmath.cpp -o rglmath.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c rglview.cpp -o rglview.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c scene.cpp -o scene.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c select.cpp -o select.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c subscene.cpp -o subscene.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c win32gui.cpp -o win32gui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c win32lib.cpp -o win32lib.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c x11gui.cpp -o x11gui.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c x11lib.cpp -o x11lib.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o rgl.so ABCLineSet.o BBoxDeco.o Background.o ClipPlane.o Color.o Disposable.o Light.o LineSet.o LineStripSet.o Material.o NULLgui.o PlaneSet.o PointSet.o PrimitiveSet.o RenderContext.o Shape.o SphereMesh.o SphereSet.o SpriteSet.o String.o Surface.o TextSet.o Texture.o Viewpoint.o api.o assert.o callbacks.o device.o devicemanager.o fps.o ftgl.o geom.o gl2ps.o glErrors.o glgui.o gui.o init.o par3d.o pixmap.o platform.o pretty.o render.o rglmath.o rglview.o scene.o select.o subscene.o win32gui.o win32lib.o x11gui.o x11lib.o -lGLU -lGL -L/home/alex/anaconda2/lib -lpng16 -lX11 -L/home/alex/anaconda2/lib -lfreetype -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs
** R
** demo
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so':
libpng16.so.16: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/rgl’
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmpmv8O2Z/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rgl") :
installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status
and sessionInfo(): 和sessionInfo（）：
R version 3.2.3 (2015-12-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.3 LTS
locale:
[1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_CA.UTF-8 LC_COLLATE=en_CA.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_CA.UTF-8 LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] BiocInstaller_1.20.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.3 tcltk_3.2.3
and .libPaths(): 和.libPaths（）：
> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"
1 个解决方案
解决方案1
1 已采纳 2016-02-19 19:08:07
From our discussion this seems to be a permissions issue. 从我们的讨论来看，这似乎是一个权限问题。
The line error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so': ... suggests that you are trying to install the library to a folder you do not have permission to write to. 该行error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so': ...建议您尝试将库安装到您没有安装的文件夹中有写权限。
You can either: 您可以：
Install and manually specify a lib (recommended) 安装并手动指定一个库（推荐）
Use the lib = argument in install.packages() . 在install.packages()使用lib =参数。 As you're on Ubuntu your personal library will most likely be in ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library if on a 64bit system. 当您使用Ubuntu时，如果在64位系统上，您的个人库很可能位于~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library 。
Install as root 以root身份安装
You can run R as root (from a terminal sudo R ) and install the library into the system folder. 您可以以root身份运行R（从终端sudo R ），并将库安装到系统文件夹中。
Problem with .libPaths() .libPaths（）问题
It seems like there's a problem with your library paths. 您的库路径似乎有问题。 If you run .libPaths() from your usual account (ie not sudo ) your personal library should be listed first, and be the default location for packages to install to. 如果您从通常的帐户（即不是sudo ）运行.libPaths() ，则应首先列出您的个人库，并且该库是要安装软件包的默认位置。 As it seems to be missing you can append your personal library following the instructions in this answer: https://stackoverflow.com/a/15170774/3022126 由于似乎丢失了，您可以按照此答案中的说明附加个人图书馆： https : //stackoverflow.com/a/15170774/3022126
( NB : list your personal library first to make it the default location, ie .libPaths(c("~/R/...", .libPaths()) （ 注意 ：首先列出您的个人图书馆以使其成为默认位置，即.libPaths(c("~/R/...", .libPaths())
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