python和f2py错误-NameError：未定义全局名称“ inputUtil”

Question

我已经使用f2py（inputUtil.pyd）在python中编译了一个fortran代码。 我将此函数导入到我的主要python代码中，并从字符串向该函数传递两个字符（locationAID和locationBID）。

这是错误消息：

>>> Traceback (most recent call last):
  File "C:\FROM_OLD_HD\SynBio\Contact 5-23-12\contactsource_workingcopy\python\main.py", line 234, in batchExecute
    self.prepareProteins(tempList[1].replace("protA: ",""),tempList[2].replace("protAID: ",""),tempList[3].replace("protB: ",""),tempList[4].replace("protBID: ",""))
  File "C:\FROM_OLD_HD\SynBio\Contact 5-23-12\contactsource_workingcopy\python\main.py", line 668, in prepareProteins
    total = inputUtil(locationAID,locationBID)
NameError: global name 'inputUtil' is not defined

这是我的主要python代码的一部分：

#import fortran modules
from contact import *
from inputUtil import *

....
def prepareProteins(self, locationA, locationAID, locationB, locationBID):
    self.output("Generating temporary protein files...")
    start_time = time.time()

    shutil.copyfile(locationA,"."+os.sep+"prota.pdb")
    shutil.copyfile(locationB,"."+os.sep+"protb.pdb")


    total = inputUtil(locationAID,locationBID)
...

这是我使用f2py转换为python的fortran代码的一部分，该代码显示了传递给此函数的字符：

     subroutine inputUtil(chida,chidb)
c
       integer resnr,nbar,ljnbar,ljrsnr
       integer resns,nbars
       integer resnc,nbarc
       integer resnn,nbarn
c
       integer numa,numb,ns,n
c
       character*6 card,cards,cardc,cardn,ljcard
c
       character*1 alt,ljalt,chid,ljchid,code,ljcode
       character*1 alts,chids,codes
       character*1 altc,chidc,codec
       character*1 altn,chidn,coden
       character*1 chida,chidb
....

f2py的效果很好，所以我认为这不是问题。 我只是在学习python-我是Fortran的老程序员（从打孔卡的那天开始！）。 因此，请以老人可以跟随的方式回应。

谢谢你的帮助。

拳爸爸

Answer 1

我认为您在这里混淆了功能和模块。 from inputUtil import * ，然后调用inputUtil ，与调用函数inputUtil.inputUtil相同。

我在您提供的Fortran代码上运行了f2py，并附加了一行： print*, "hello from fortran!" 。 我还必须删除C注释行，大概是因为我使用了.f90 。 这是我使用的命令：

python "c:\python27\scripts\f2py.py" -c --fcompiler=gnu95 --compiler=mingw32 -lmsvcr71 -m inputUtil inputUtil.f90

现在，我应该得到一个名为inputUtil的python模块。 让我们尝试一下。 简单的Python：

import inputUtil
inputUtil.inputUtil('A', 'B')

由此我得到：

AttributeError: 'module' object has no attribute 'inputUtil'

发生什么了？ 让我们看一下模块：

print dir(inputUtil)

返回：

['__doc__', '__file__', '__name__', '__package__', '__version__', 'inpututil']

显然inputUtil中的大写U已转换为小写。 让我们用小写的名字来调用该函数：

inputUtil.inpututil('A', 'B')

现在打印：

hello from fortran!

成功！

将函数名称转换为小写字母似乎是f2py的问题/功能。 因为我通常使用小写字母名称，所以我从未遇到过。

为了将来参考，我还建议将Fortran放入模块中，并将intent语句添加到子例程参数中。 这将使在f2py模块和Python之间传递变量变得更加容易。 像这样包装一个模块：

module inpututils

contains

subroutine foo(a, b)
...code here...
end subroutine

end module

然后， use inpututils另一个文件use inpututils例程顶部的use inpututils模块中的use inpututils导入模块中的所有子例程（在implicit none之前）。