在Python中从NetCDF文件中读取4d var

Question

我正在使用Scientific.IO.NetCDF将NetCDF数据读入Python。 我试图读取一个4d 32位变量的大小（366,30,476,460），但我最终在我的ndarray中使用了零。 奇怪的是，如果我只读取3d数据（1,30,476,460），返回的值就可以了。

这就是我想要做的：

from Scientific.IO.NetCDF import NetCDFFile as Dataset
from collections import namedtuple

# Define output data structure as a named tuple
Roms_data=namedtuple('Roms_data','Ti Tf Nt U V W Zeta')

# Open the NetCDF file for reading.
ncfile = Dataset(data_file,'r')

if Tstart==-1:
  ti=0
  tf=NTsav-1
else:
  ti=Tstart-1
  tf=Tend-1

try:
  udata = ncfile.variables['u'][:]
  print str(udata.shape)
except:
  print ' Failed to read u data from '+data_file

“[：]”表示我正在将整个4d变量“u”读入名为udata的ndarray中。 这不起作用，udata充满了零。 但是，如果我这样做：

try:
  udata = ncfile.variables['u'][0,:,:,:]
  print str(udata.shape)
except:
  print ' Failed to read u data from '+data_file

那么现在是3d ndarray的“udata”具有它应该从NetCDF文件中读取的值。

有帮助吗？ 提前致谢。

Answer 1

我不清楚什么可能导致你的问题，但我有一个替代建议你可能会尝试。 您似乎正在从ROMS海洋模型中读取NetCDF4数据输出。 我经常这样做，但我总是喜欢使用netcdf-python模块 ：

 from netCDF4 import Dataset
 cdf=Dataset("ns8km_avg_16482_GLORYS2V1.nc","r")
 u=cdf.variables["u"][:]

netcdf-python模块的一个好处是它可以自动调整netcdf文件中的offset，scale和fill_value 。 因此，从netcdf文件读取的4D数组将包含屏蔽值。 我想知道你的方法中的掩蔽是否没有正确完成。 也许您可以尝试安装netcdf-python并使用这种方法读取您的数据，并希望它可以提供帮助。 干杯，特隆德