如何从mcmc RJAGS中提取数据

Question

我正在运行以下模型，其中每个投票周都有一个度量值。 每一方产生100多个alpha向量。 可能的问题是，我该如何以绘制折线图的方式来存放它们？

model{
  ## measurement 
 for(i in 1:NPOLLS){  
      p1[i] ~ dnorm(alpha1[WoY[i]] + pollster1[org[i]], prec1[i])
       p2[i] ~ dnorm(alpha2[WoY[i]] + pollster2[org[i]], prec2[i])
       p3[i] ~ dnorm(alpha3[WoY[i]] + pollster3[org[i]], prec3[i])

}

## transition 
for(i in 2:NPERIODS){    
    alpha1[i] ~ dnorm(alpha1[i-1],phi1)
    alpha2[i] ~ dnorm(alpha2[i-1],phi2)
    alpha3[i] ~ dnorm(alpha3[i-1],phi3)
 }

pollster1[1] <- -sum(pollster1[2:NPOLLSTERS])
pollster2[1] <- -sum(pollster2[2:NPOLLSTERS])
pollster3[1] <- -sum(pollster3[2:NPOLLSTERS])

## priors
phi1 ~ dgamma(5000,1)     
alpha1[1] ~ dunif(.2,.4) 
phi2 ~ dgamma(5000,1)     
alpha2[1] ~ dunif(.2,.4)
phi3 ~ dgamma(10000,1)     
alpha3[1] ~ dunif(.1,.3)
    for(i in 2:NPOLLSTERS){
    pollster1[i] ~ dnorm(0,.01);    
    pollster2[i] ~ dnorm(0,.01);
    pollster3[i] ~ dnorm(0,.01);
 } }

Answer 1

jags函数为mmcm.list对象提供此类对象的summary通用函数。 在jags函数返回的新对象上使用str和name函数，您需要找到类似mcmc东西。 mcmc子对象是mcmc.list类的矩阵， mcmc.list包含mcmc.list其中n row表示迭代次数， n col表示估计参数。 这样您就可以提取所需的内容。 mcmc对象的长度等于链数。 它们还具有通用的plot.mcmmc来绘制后密度。