在Ubuntu 12.04LS中安装bioperl

Question

我正在尝试在5.20.0版的Perl环境中安装Bioperl软件包，但无法使用这些东西。 网站的想法和建议各不相同，这对我来说并不容易。 请向我建议在Ubuntu 12.04LS中安装Bioperl的协议。

Answer 1

资料来源： http : //www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl_on_Ubuntu_Server

安装和配置基本的Ubuntu服务器

请先安装然后进行配置。

apt-get clean
apt-get update
apt-get upgrade
apt-get install ssh screen
apt-get clean

使用apt-get尽可能多地安装

在/etc/apt/sources.list中启用Universe和Multiverse

apt-get update
apt-get install \
 lynx unzip zip ncftp gcc libc6-dev make mysql-server apache2 \
 perl libgd-gd2-perl libcgi-session-perl libclass-base-perl libexpat1-dev
apt-get clean

通过apt-get安装不可用的CPAN和perl模块

cpan -i 'Text::Shellwords'  # choose defaults if first time

安装BioPerl

cd /tmp
wget -N http://bioperl.org/DIST/current_core_unstable.tar.bz2
tar -xjvf current_core_unstable.tar.bz2
cd bioperl-*
perl Build.PL   # choose the defaults
./Build test
./Build install