长时间序列的R动态时间扭曲

Question

我正在尝试计算很长时间序列的dtw距离，但是出现一个错误，表明我无法为矩阵分配内存。

这是我的工作：

library(dtw)

set.seed(1234)
N <- 300000
x <- rnorm(N)
y <- rnorm(N)

dtw(x,y,distance.only=TRUE)$distance

Error: cannot allocate vector of size 670.6 Gb

是否有另一种无需分配那么多内存即可计算dtw距离的方法？

Answer 1

我不知道这个包裹，但是从包裹的配套文件中您可以找到：

更大的问题可以通过近似策略来解决，例如，计算下采样时间序列之间的初步一致性（Salvador和Chan 2004）； 索引（Keogh and Ratanamahatana 2005）； 或将其中一个序列分成多个块，然后迭代子序列匹配。

后一种选项可以通过以下方式实现：

  lapply(split(y,1:100),                      ## I split y in 100 chnucks
       function(z)dtw(x,z,distance.only=TRUE)$distance)

PS：这里的问题更大，这意味着您遇到的问题超过了8000×8000点（接近虚拟内存限制）。