長時間序列的R動態時間扭曲

Question

我正在嘗試計算很長時間序列的dtw距離，但是出現一個錯誤，表明我無法為矩陣分配內存。

這是我的工作：

library(dtw)

set.seed(1234)
N <- 300000
x <- rnorm(N)
y <- rnorm(N)

dtw(x,y,distance.only=TRUE)$distance

Error: cannot allocate vector of size 670.6 Gb

是否有另一種無需分配那么多內存即可計算dtw距離的方法？

Answer 1

我不知道這個包裹，但是從包裹的配套文件中您可以找到：

更大的問題可以通過近似策略來解決，例如，計算下采樣時間序列之間的初步一致性（Salvador和Chan 2004）； 索引（Keogh and Ratanamahatana 2005）； 或將其中一個序列分成多個塊，然后迭代子序列匹配。

后一種選項可以通過以下方式實現：

  lapply(split(y,1:100),                      ## I split y in 100 chnucks
       function(z)dtw(x,z,distance.only=TRUE)$distance)

PS：這里的問題更大，這意味着您遇到的問題超過了8000×8000點（接近虛擬內存限制）。