MemoryError试图将Numpy 2D数组转换为3D数组

Question

我在将一定数量（在本例中为153个）的Numpy 2D数组转换为3D数组时遇到麻烦（这些2D数组代表灰度图像-即2048x2048x1-以处理图像序列而不是一组2D图像）。 我需要它来获取随时间变化的每个像素值形成的信号（解决此问题后，使用Numpy应该很方便）。

我的代码是（几乎）以下内容：

zdim = len(imglist) # 'imglist' a Python list of the path for each image I need to process
windowspan = 512
xmin = ymin = 2
xmax = ymax = xmin + windowspan

sequence = []
for i in range(zdim):
    hdulist = fits.open(imglist[i],'readonly') # allow to open FITS image files
    hdr = hdulist[0].header['DATE-OBS'] # fetch the image date/time
    img = fc.readfitsimg(imglist[i]) # return a np ndarray (2D)
    patch = img[ymin:ymax, xmin:xmax] # take a small of the original image
    print("patchSize : " + str(patch.size*4))
    sequence.append(patch) # adding to the list
    print("it : " + str(i))
sequence = np.array(sequence) # transform to numpy array

约85次迭代后，解释器将返回MemoryError。

任何人都会对发生的事情有任何暗示吗？ （请参阅下面的一些详细信息）

其他一些细节：-我使用WinPython 32位（便携式），因为我无法安装“适当的” Python发行版（出于测试目的，我在Python 2.7.9.4和3.4.3.3之间进行了切换）-我被迫使用32位Windows 7，在一台具有4GB，因此3.5GB可用的PC上，我尝试在另一台计算机上执行脚本（Win7 64位，16GB RAM）

感谢您为我提供的任何帮助。

Answer 1

当计算机的RAM内存不足时，将发生MemoryError 。 在这种情况下，当您达到85x512x512的限制时，将所有图像添加到多维数据集中时似乎用完了。 如果这是代码的唯一问题，我建议使用memmap将结果直接保存到硬盘驱动器而不是RAM中。 当您打开拟合文件fits.open(..., memmap=True)时，memmap选项也可用。 在这种情况下，仅打开光盘中的映像，然后读取所需的部分，而不是将整个映像加载到RAM中。

但是我怀疑这里的真正问题是，您一直在打开fits文件而在循环末尾没有任何关闭（对于您的情况为hdu.close（））。