如何使用rpy2在Python中访问.Rdata文件中的矩阵

Question

我有许多已保存的R数据集 （尽管它们有.R扩展名）。 我可以使用R（使用load("fname.R")然后输入文件名fname来访问其中一个带有R的矩阵fname.R 。

但是，我想在Python中使用这个矩阵。 我可以使用rpy2来导入数据，但我也有兴趣操纵这些数据。 如何将其转换为Python矩阵？

Answer 1

您可以在另外两个Stack Overflow问题/答案中找到解决方案： 这显示了如何从RData文件加载变量 ， 这显示了如何将R矩阵转换为numpy数组 。

结合起来，解决方案看起来像这样：

import rpy2.robjects as robjects
import numpy as np

# load your file
robjects.r['load']('fname.RData')

# retrieve the matrix that was loaded from the file
matrix = robjects.r['fname']

# turn the R matrix into a numpy array
a = np.array(matrix)

print a

例如，如果你开始在R中运行以下代码：

fname <- matrix(1:9, nrow = 3)
save(fname, file = "fname.RData")

上面的Python代码将打印：

[[1 4 7]
 [2 5 8]
 [3 6 9]]