欧氏距离的python数据框矩阵

Question

我想创建一个自定义的k最近邻居方法。

为此，我需要一个矩阵（x：y），该矩阵返回给定函数（例如，基于我的数据集的7个项的欧几里得）的x和y每种组合的距离。

例如

data:
   x1  x2  x3
  row 1:  1   2   3
  row 2:  1   1   1 
  row 3:  4   2   3

如果我选择x1和x2以及euclidean，那么输出应该是3x3输出

1:1=0
1:2 =sqrt((1-1)^2+(2-1)^2)=1
1:3 =sqrt((1-4)^2+(2-2)^2)=sqrt(3)
2:1=1:2=1
2:2=0
2:3=sqrt((1-4)^2+(1-2)^2)=2
3:3=0

等等...

如何编写而不迭代数据帧？

预先感谢您的支持。

Answer 1

您可以使用scipy.spatial.distance.pdist和scipy.spatial.distance.squareform ：

from scipy.spatial.distance import pdist, squareform

dist = pdist(df[['x1', 'x2']], 'euclidean')
df_dist = pd.DataFrame(squareform(dist))

如果你只是想一个数组作为输出，而不是一个数据帧，只使用squareform本身，而无需在数据帧加以包装。

结果输出（作为DataFrame）：

     0         1         2
0  0.0  1.000000  3.000000
1  1.0  0.000000  3.162278
2  3.0  3.162278  0.000000