从Ubuntu CLI远程安装多个R程序包（带或不带）

Question

我必须在Ubuntu 16.10系统上执行远程R安装。 作为此过程的一部分，我必须在该主机上安装特定的软件包。 我想安装这些软件包Rcmdr ， list ， ggplot2 ， afex ， lsmeans 。 由于我是远程执行此操作，因此无法使用

sudo -i R

首先进入R CLI，然后使用install.packages()进行安装。 相反，我必须以某种方式从Ubuntu CLI安装软件包。

我找到了这些链接：

1. 使用install.packages（）进行多个R软件包安装
2. R CMD INSTALL -l使用语法来安装6.3节中的多个软件包
3. 在install.packages（）中使用repos参数

但是，某些软件包具有依赖性：

• 该list包取决于utils和sandwich 。
• Rcmdr软件包取决于grDevices ， utils ， splines ， RcmdrMisc ， car 。
• ggplot2软件包还具有依赖性。

我只想安装软件包Rcmdr ， list ， ggplot2及其所有依赖项。 通常，我会这样做：

install.packages(c('Rcmdr','list','ggplot2'), dependencies=TRUE)

质询

1. 如何仅在R CMD为一个包指定依赖项选项？ 这是安装它们的方法

    R CMD INSTALL -l Rcmdr dependencies=TRUE, list dependencies=TRUE, \\ ggplot2 dependencies=TRUE, afex, lsmeans 

   还是这个不正确？

2. 另外，如何在R CMD INSTALL -l指定repos参数？

编辑

按照下面的第一评论， sudo不需要above.ie sudo -i R可以被替换为R

Answer 1

关于您的问题：

问题1

这可能不是最佳方法。 而是考虑Rscript -e 'install.packages(...)' ，这是R CMD INSTALL ...仍然要调用的内容。 您可以在此处更好地控制选项。 继续读...

问题2

在工作和家庭中的所有Ubuntu计算机上，我都通过/etc/R/Rprofile.site来执行此/etc/R/Rprofile.site ，例如

## Example of Rprofile.site
local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "https://cloud.r-project.org"
    r["ghrr"] <- "https://ghrr.github.io/drat"
    options(repos = r)
})

我们通常在其中添加第三个和网络本地存储库。 您可能只想在这里使用CRAN-它使用RStudio为R Project和R Consortium管理的“总是与您接近”的CDN。 ghrr drat是我设置的辅助仓库。

问题3

我在R的官方Debian / Ubuntu软件包中添加的某些内容都不需要sudo ，但是您需要成为拥有/usr/local/lib/R/site-library的组的成员。

现在，如果可以的话，还有两个建议：

利特勒

您可以通过sudo apt-get install r-cran-littler r可执行文件。 我在命令行上使用它； 并且您可能想要研究基本的install.r脚本和扩展的install2.r 。 我倾向于创建从/usr/local/bin到这些目录和其他目录（例如update.r ）的软件包目录的软链接。 多年来，我一直在运行许多（Ubuntu和Debian）机器。

Michael Rutter仓库和Docker

实际上，我们有大约3000个CRAN软件包作为Ubuntu的二进制文件 ，因此您只需执行sudo apt-get install ...就可以解决所有依赖项。 看一下我的这个脚本 （在Travis上使用它们）或我维护的某些Docker文件（例如this） 。