[英]normal quantile transformation
我需要在R中进行分位数归一化
输入文件只是我有5000多个值的一小部分:
x <- data.frame(A =c(193973, 185750, 185511,NA), B= c(56433,52298, 53040, NA), C = c(4668, 6074,6246, NA))
我正在使用的软件推荐
xtransformed = qqnorm(x, plot.it =F)$x
我到底不明白“ $ x”?
另一个问题是:
如果输入是(这是我的实际输入
x <- data.frame(A =c("A","B","C","D"), B = c("X", "Y", "Z","L"), C=c(193973, 185750, 185511, "NA"), D = c(56433,52298, 53040, "NA"), E = c(4668, 6074,6246, "NA"))
我只选择要转换的列
y =x[,3:5]
用该代码对其进行了转换,它不起作用吗? 是什么原因
ytransformed <- qqnorm(y, plot.it =F)$y
ytransformed
我做到了 现在,我想绘制并查看它是否已转变? 我怎样才能做到这一点?
Bioconductor中的preprocessCore
软件包具有此功能。 首先安装并加载它:
source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
biocLite('preprocessCore')
library(preprocessCore)
然后在数据框中创建一个矩阵,并进行normalize.quantiles
:
> x <- data.frame(A =c(193973, 185750, 185511,NA), B= c(56433,52298, 53040, NA), C = c(4668, 6074,6246, NA))
> m <- data.matrix(x,rownames.force=nrow(x))
> normalize.quantiles(m)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 85550.67 85550.67 80825.67
[2,] 82143.61 80825.67 82143.61
[3,] 80825.67 82143.61 85550.67
[4,] NA NA NA
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