正態分位數轉換

Question

我需要在R中進行分位數歸一化

輸入文件只是我有5000多個值的一小部分：

x <- data.frame(A =c(193973, 185750, 185511,NA), B= c(56433,52298, 53040, NA), C = c(4668, 6074,6246, NA))

我正在使用的軟件推薦

xtransformed = qqnorm(x, plot.it =F)$x

我到底不明白“ $ x”？

另一個問題是：

如果輸入是（這是我的實際輸入

x <- data.frame(A =c("A","B","C","D"), B = c("X", "Y", "Z","L"), C=c(193973, 185750, 185511, "NA"), D = c(56433,52298, 53040, "NA"), E = c(4668, 6074,6246, "NA"))

我只選擇要轉換的列

y =x[,3:5]

用該代碼對其進行了轉換，它不起作用嗎？ 是什么原因

ytransformed <- qqnorm(y, plot.it =F)$y

ytransformed 

我做到了 現在，我想繪制並查看它是否已轉變？ 我怎樣才能做到這一點？

Answer 1

Bioconductor中的preprocessCore軟件包具有此功能。 首先安裝並加載它：

source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
biocLite('preprocessCore')
library(preprocessCore)

然后在數據框中創建一個矩陣，並進行normalize.quantiles ：

> x <- data.frame(A =c(193973, 185750, 185511,NA), B= c(56433,52298, 53040, NA), C = c(4668, 6074,6246, NA))
> m <- data.matrix(x,rownames.force=nrow(x))
> normalize.quantiles(m)
         [,1]     [,2]     [,3]
[1,] 85550.67 85550.67 80825.67
[2,] 82143.61 80825.67 82143.61
[3,] 80825.67 82143.61 85550.67
[4,]       NA       NA       NA