网状 - 在Rmarkdown中运行python块

Question

也许我错过了什么，但如果下面的代码是我的Rmd文件的内容

```{r}
library(reticulate)
use_virtualenv("r-reticulate")
py_available(TRUE)
```
```{python}
a = 7
print(a)
```
```{r}
py$a
```

当我编织文件时，最后一个块的输出是7（正如预期的那样）。 另一方面，单击Rstudio中的“全部运行”按钮（或逐个运行块），最后一个块的结果为NULL 。

与R笔记本示例相比，似乎为python块中的flights分配了一些内容，应该为R提供py$flights ，但事实并非如此。

问题：

1. 有没有办法从R访问一个先前运行过的Python块中创建的变量（不是编织）？ 如何“导出”R在python块中创建的变量？
2. 什么是一个很好的参考，以了解当我点击Rmarkdown文件的python块中的运行按钮时会发生什么？

编辑 ：好的，所以看到这里的第一个答案后，我确实更新了knitr和rmarkdown到最新版本，但仍然有同样的问题。 我将py_available(TRUE)添加到我的文件中以确保它已被初始化，但是，当针织时，最后一个块结果为7 ，但是逐个运行块会导致

> py$a
Error in py_get_attr_impl(x, name, silent) : 
  AttributeError: 'module' object has no attribute 'a'

问题是：将值分配给a在Python块是没有做任何事情来py$a在R环境。 也许R和python之间的这个“共享”环境不是这个包应该如何工作的？ 另外，还有一些额外的信息

> py_config()
python:         /usr/bin/python
libpython:      /usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu/libpython2.7.so
pythonhome:     /usr:/usr
version:        2.7.14 (default, Sep 23 2017, 22:06:14)  [GCC 7.2.0]
numpy:          /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy
numpy_version:  1.12.1

python versions found: 
 /usr/bin/python
 /usr/bin/python3

Answer 1

Rmarkdown / knitr：

运行块：

到目前为止，不支持在不编织文档的情况下运行块。 请参阅此处： https ： //github.com/yihui/knitr/issues/1440或网格化不在RM / RM中的R / Python单元格或Python / Python单元格之间共享状态 。

编辑：Freguglia的解决方法：

“解决方法是将python块转换为R块并将整个内容包装在py_run_string（）函数中，因此无论您在该段代码中分配的内容都可以通过py $ variable_name从R中访问。”

编织文件：

一种方法是按照上面的建议升级knitr ，但你没必要，而且你也不需要RStudio每日构建。

如果你有1.18之前的knitr版本，你可以包括：

```{r setup, include = FALSE} knitr::knit_engines$set(python = reticulate::eng_python) ``` ，见这里： https ```{r setup, include = FALSE} knitr::knit_engines$set(python = reticulate::eng_python) ``` 引擎设置 。

蟒蛇：

如果它不起作用，请确保python连接在rmarmdown / knitr之外运行： py_run_string("x = 10"); py$x py_run_string("x = 10"); py$x 。

如果也不起作用，您应该检查： py_available()和py_numpy_available() 。

如果返回FALSE ：尝试使用以下py_available(TRUE)初始化它： py_available(TRUE) 。

如果仍然是 - 请检查您的配置： py_config()

它将为您提供有关该问题的进一步提示：

我的例子是：R和python的不同位版本（32对64）或者不知何故我遇到了安装Python2.7和单独的Anaconda的麻烦。

Answer 2

您必须使用Rstudio每日构建（ 源 ）并将knitr ， rmarkdown升级到最新版本。

> packageVersion("rmarkdown")
[1] ‘1.9’
> packageVersion("knitr")
[1] ‘1.20’

Answer 3

这在当前的RStudio Desktop中已修复，例如1.2.1114 。 但是，如果你像我一样坚持使用RStudio Server Pro 1.1.456比使用py_run_string更好的解决方法可能是使用reticulate::repl_python() ，它在R控制台中提供了一个Python控制台，并允许你通过复制运行你的python块将它们粘贴到控制台中。

解决方法： 工作：