将索引保留在jaccard距离矩阵的散点图中

Question

我有一个距离矩阵，我想将其绘制为2D散点图。

我已经找到了通过sklearn.manifold的方法：

mds = MDS(n_components=2, dissimilarity='precomputed')
X_r = mds.fit(jac_sim).embedding_
plt.figure()
plt.scatter(X_r[:,0],X_r[:,1],c="red")
plt.savefig((args.Directory + "/MDS2.svg"), format = "svg")

使用jac_sim作为我的距离矩阵，如下所示：

这段代码给了我下一个情节：

我想携带距离矩阵中的列或索引的名称，以便我可以按Indiv编号对图中的点进行颜色编码，并可以放置标签。 我试图检查X_r文件，但它仅包含散点图的坐标，而没有原点的信息。

如何按列/索引名称对代码进行颜色编码？

Answer 1

如果您知道jac_sim的大小不会改变，那么您始终知道jac_sim编号在哪里，因此您可以使用不同的数据切片进行两次散布：

mds = MDS(n_components=2, dissimilarity='precomputed')
X_r = mds.fit(jac_sim).embedding_
plt.figure()
plt.scatter(X_r[:3:,0],X_r[:3:,1],c="red")
plt.scatter(X_r[3::,0],X_r[3::,1],c="blue")
plt.savefig((args.Directory + "/MDS2.svg"), format = "svg")