Python 网状在 Rstudio 云中不起作用

Question

I am a big fan of Rstudio Cloud and would like to inter-grate R and Python by using the package Reticulate.

看起来 Rstudio Cloud 正在使用 python 2.7（没有问题）。 当我尝试在 R markdown 文档中编写 Python 代码时，没有任何运行。

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title: "reticulate"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

```

```{r}
library(reticulate)
py_config()
```

```{python}
import pandas
x = 4
```

Python 代码无法运行。

我还发现，如果我想使用 reticulate 在 R 脚本中安装 python 包。 我必须创建一个虚拟环境。 这背后的原因是什么？

library(reticulate)
virtualenv_create("r-reticulate")
virtualenv_install("r-reticulate", "scipy")
virtualenv_install("r-reticulate", "pandas")

如果我使用 conda_install，我会收到一条错误消息。

conda_create("r-reticulate")
Error: Unable to find conda binary. Is Anaconda installed?
conda_install("r-reticulate", "scipy")
Error: Unable to find conda binary. Is Anaconda installed?

目标是让 python 在 R markdown 上的 Rstudio 云中工作。 我无法安装包和执行代码。

Answer 1

在收到与您¹相同的错误消息后，我刚刚成功地将 Conda 安装在 Rstudio 云中，所以我想分享一下我是如何工作的。

我创建了两个脚本：

1. 安装 miniconda （我认为这是您缺少的步骤，以及为什么 Conda 不适合您），然后 restartSession 以便可以访问
2. 单独存储用于设置 Conda 的命令，将此脚本的运行作为命令传递给restartSession 调用（因为否则命令在 R 重新启动之前触发，并且它们失败；sys.sleep() 似乎没有工作，但这种方法确实）

setup.R

setwd("/cloud/project")                       # to ensure students get required resources
install.packages("rstudioapi")                # to restart R session w/ installations
install.packages("reticulate")                # for python
reticulate::install_miniconda("miniconda")    # for python

# Restart again to make sure all system things are loaded 
# and then create a new Conda environment

rstudioapi::restartSession(command="source('nested_reticulate_setup.R')")

nested_reticulate_setup.R

reticulate::conda_create("r-reticulate")
reticulate::conda_install("r-reticulate", "scipy")
Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON="/cloud/project/miniconda/envs/r-reticulate/bin/python")
reticulate::use_condaenv("r-reticulate")
osmnx <- reticulate::import("scipy")

然后，如果您调用 scipy，例如scicpy$`__version__` ，我相信它应该对您有用，而不会出现您观察到的错误。

我在其他地方找不到这个问题的解决方案，所以认为值得回复这篇旧帖子，以防有一天它对某人有所帮助。 我相信还有其他方法可以解决这个问题。

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¹也许是出于不同的原因； 我会在后面的帖子中解释...