将txt文件转换为邻接矩阵

Question

我有一个类似的问题，如将邻接矩阵转换为 csv 文件

我想使用 python （或可能是 R）将邻接矩阵 output 从 ARACNE 转换为 csv 文件。

adj 文件设置为显示一个基因的右侧以及它与其他基因的每个相互作用。 例如 a.csv 的文件为：

A B 0.4 C 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3

所以上面，A 和 B 相互交互，交互的值为 0.4。 A 和 C > > 相互影响，取值为 0.3 以此类推。

我想更改布局，所以我将文件 b.csv 作为...

A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3

基本上我想要一个所有交互节点和相应值的列表，以便我可以将文件上传到 Cytoscape 和 plot 网络。

在这篇文章中，使用 Python 有一个很棒的答案。 如果我想将b.csv的格式转换回a.csv怎么办？ 我挠了挠头，但找不到解决办法。 我很想看看 Python 是如何做到的！

谢谢回答。 -小勇

Answer 1

这可以使用pandas.Dataframe.groupby来完成

import pandas as pd

df = pd.read_csv('b.csv', delimiter=' ', header=None)

data = '' 
for key, value in df.groupby([0]):
    for i,item in enumerate(value.values):
        if i == 0:
            data += item[0]
        for itm in item[1:]:
            data += ' '+str(itm)
    data += '\n'

#Saving the string
with open('a.csv', 'w') as f:
    f.write(data)

b.csv中的数据为：

A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3
C F 0.3
A D 0.3

生成a.csv为：

A B 0.4 C 0.3 D 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3 F 0.3