将链接矩阵转换为邻接矩阵

Question

给定：来自所需的层次聚类的链接矩阵（例如，单链接）：来自该链接矩阵的邻接矩阵

如何在python（例如networkx或任何其他库或方法）中实现这一目标？ 既然我不认为我是第一个绊倒这个问题的人，我希望它有一些食谱/库函数

Answer 1

Networkx具有nx.to_pandas_adjacency函数，该函数返回具有给定图的邻接矩阵的pandas数据帧。 您应该从链接列表创建networkx图，然后将其转换为邻接矩阵：

import networkx as nx

links = [
    (1, 2),
    (2, 3),
    (1, 4),
    (1, 3),
    (4, 5),
    (1, 5)
]

G = nx.Graph()
G.add_edges_from(links)
nx.to_pandas_adjacency(G)

  1 2 3 4 5 1 0.0 1.0 1.0 1.0 1.0 2 1.0 0.0 1.0 0.0 0.0 3 1.0 1.0 0.0 0.0 0.0 4 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 5 1.0 0.0 0.0 1.0 0.0