[英]Cut NetCDF files by shapefile
我有一个大型的全局 .nc 文件数据集,我正在尝试将它们剪辑到一个较小的区域。 我将此区域存储为 .shp 文件。
我曾尝试使用 Qgis 中的 gdal,但需要通过转换每个变量来做到这一点,我必须为所有文件一一选择每个变量和相同的形状,并且每个变量都有 400 个文件,这似乎不是最好的主意。 此外,这会返回分离的 .tiff 文件,而不是我想要的 .nc 文件。
我有这个小脚本,但它没有做我需要的
import glob
import subprocess
import os
ImageList = sorted(glob.glob('*.nc'))
print('number of images to process: ', len(ImageList))
Shapefile = 'NHAF-250m.shp'
# Create output directory
OutDir = './Clipped_Rasters/'
if not os.path.exists(OutDir):
os.makedirs(OutDir)
for Image in ImageList:
print('Processing ' + Image)
OutImage = OutDir + Image.replace('.nc', '_BurnedArea_Clipped.tif') # Defines Output Image
# Clip image
subprocess.call('gdalwarp -q -cutline /Users/path/to/file/NHAF-250-vector/ -tr 0.25 0.25 -of GTiff NETCDF:'+Image+":burned_area "+OutImage, shell=True)
print('Done.' + '\n')
print('All images processed.')
先感谢您
我建议使用xarray
来处理 netcdf 数据和geopandas
+ rasterio
来处理你的 Shapefile。
import geopandas
import xarray
import rasterio
import glob
shapefile = 'NHAF-250m.shp'
sf = geopandas.read_file(shapefile)
shape_mask = rasterio.features.geometry_mask(sf.iloc[0],
out_shape=(len(ndvi.y), len(ndvi.x)),
transform=ndvi.geobox.transform,
invert=True)
shape_mask = xarray.DataArray(shape_masj , dims=("y", "x"))
file_list = sorted(glob.glob('*.nc'))
for file in file_list:
nc_file = xarray.open_dataset(file)
# Then apply the mask
masked_netcdf_file = nc_file.where(shape_mask == True, drop=True)
# store again as netcdf or do what every you want with the masked array
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