从源代码构建后无法导入 scipy

Question

我需要使用一些最近添加到 Scipy master 而未包含在 1.5.4 中的功能。

我已经在我的家用 PC (Ubuntu 18) 上从源代码构建了 scipy，它运行良好。

我现在需要在我大学的 HPC 集群（运行 Redhat Enterprise）上部署我的代码。

我执行了以下命令从源代码安装 Scipy：

$ mkdir custom_modules
$ cd custom_modules
$ git clone https://github.com/scipy/scipy.git
$ mv scipy scipy_dev
$ pip install --upgrade pip
$ pip install cython
$ pip install pybind11
$ cd scipy_dev
$ python setup.py build --compiler=intelem --fcompiler=intelem
$ python setup.py install --user
$ export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/ucfarm0/custom_modules/scipy_dev

这似乎工作正常。

然后，我尝试从我的主目录运行一个测试脚本：($ python3 test.py)：

import scipy
print(scipy.__version__)

我收到以下错误消息

ImportError: Error importing SciPy: you cannot import SciPy while
        being in scipy source directory; please exit the SciPy source
        tree first and relaunch your Python interpreter.

这是由 scipy __init__文件提供给我的。

我不明白为什么会出现此错误，因为我没有从 scipy 源目录调用脚本。 我想这与我指向那里的 PYTHONPATH 有关。 但如果没有，我怎么能导入呢？ 为什么这在我的家用电脑上不是问题？

Answer 1

永远不要将系统 $PYTHONPATH 变量设置为 SciPy 根目录。

这是因为当你运行 setup.py 时，它是在你的 site-packages 目录中设置的。 您不能开箱即用（即从您下载它的任何地方）运行它，因为要安装 fortran 个元素。

该代码在我的家用计算机上运行，因为安装成功并且 scipy 在站点包中，幸运的是我将 PYTHONPATH 设置错误，所以没有收到错误消息。

我终于设法在 HPC 上从源代码安装 SciPy，说明如下：

Set up a Virtual Env and Install Modules

#######################
Download and Install SciPy
#######################

$ module unload compilers mpi
$ module load compilers/gnu/4.9.2
$ module load python/3.7.4
$ virtualenv inverse_smrt
$ source inverse_smrt/bin/activate
$ cd inverse_smrt
$ git clone https://github.com/scipy/scipy.git
$ pip install --upgrade pip
$ pip install numpy cython pybind11 xarray six pandas matplotlib xlrd

$ module load lapack openblas
$ echo $OPENBLASROOT
-> /shared/ucl/apps/openblas/0.3.7-serial/gnu-4.9.2

$ mv scipy scipy_dev
$ cd scipy_dev
$ cp site.cfg.example site.cfg
$ nano site.cfg

    Modify the [openblas] section to:

    [openblas]
    libraries = openblas
    library_dirs = /shared/ucl/apps/openblas/0.3.7-serial/gnu-4.9.2/lib
    include_dirs = /shared/ucl/apps/openblas/0.3.7-serial/gnu-4.9.2/include
    runtime_library_dirs = /shared/ucl/apps/openblas/0.3.7-serial/gnu-4.9.2/lib

$ pip install .
$ cd ..
$ nano test.py
    Import scipy
    print(scipy.__version__)
$ which python
$ python test.py