eval 中的错误（predvars、data、env）：未找到 object 'Practice'

Question

我有下面的代码，但是在执行FUN function 时出现错误

library(table1)
library(RVAideMemoire)

Practice<-c(rep("Clippings",14),rep("Irrigation",14),rep("MowHeight",14),rep("SoilTest",14))
Response<-c(rep("No",23),rep("Yes",33))
Student<-c(rep("a",4),rep("b",4),rep("c",4),rep("d",4),rep("e",4),rep("f",4),rep("g",4),rep("h",4),rep("i",4),rep("j",4),rep("k",4),rep("l",4),rep("m",4),rep("n",4))
dataset<-data.frame(Practice,Student,Response)

Fun<-function(data,var,Response,ID) {
  
  
  tab<-table1(~ Response | var, data=data,topclass="Rtable1-zebra")
  tab<-as.data.frame(tab)
  
  test<-cochran.qtest(Response ~ var | ID,data = data)

  pvalue<-test$p.value
  
  list<-c(pvalue,tab)
  
  return(list)
}


Fun(dataset,Practice,Response,Student)

我想打印pvalue和tab ，这是我得到的错误

有没有可能纠正它？

Answer 1

基本 function table未找到变量，它们必须从数据中提取但不能使用运算符$ ，请参阅此 SO 帖子。

Fun <- function(data, var, Response, ID) {
  
  v <- deparse(substitute(var))
  r <- deparse(substitute(Response))

  tab <- table1(~ Response | var, data=data, topclass = "Rtable1-zebra")
  tab <- as.data.frame(tab)
  
  tbl <- table(data[[v]], data[[r]])
  test <- chisq.test(tbl)
  
  pvalue <- test$p.value
  
  list(p.value = pvalue, table = tab)
}

Fun(dataset, Practice, Response, Student)
#$p.value
#[1] 2.82287e-09
#
#$table
#           Clippings Irrigation MowHeight  SoilTest    Overall
#1             (N=14)     (N=14)    (N=14)    (N=14)     (N=56)
#2 Response                                                    
#3       No 14 (100%)  9 (64.3%)    0 (0%)    0 (0%) 23 (41.1%)
#4      Yes    0 (0%)  5 (35.7%) 14 (100%) 14 (100%) 33 (58.9%)

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编辑

使用新测试， cochran.test出现错误。
下面更新的 function 运行两个测试，Cochran 的tryCatch和错误消息是 output。

Fun <- function(data, var, Response, ID) {
  
  v <- deparse(substitute(var))
  r <- deparse(substitute(Response))

  tab <- table1(~ Response | var, data=data, topclass = "Rtable1-zebra")
  tab <- as.data.frame(tab)
  
  tbl <- table(data[[v]], data[[r]])
  test1 <- chisq.test(tbl)
  test2 <- tryCatch(
    cochran.qtest(Response ~ var | ID, data = data),
    error = function(e) e
  )
  pv2 <- if(inherits(test2, "error"))
    paste("Error:", conditionMessage(test2))
  else test2$p.value
  pvalue <- list(test1$p.value, pv2)
  pvalue <- setNames(pvalue, c("chisq", "cochran"))
  
  list(p.value = pvalue, table = tab)
}