[英]Why cant I get my output dataframe to convert to a csv? AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'to_csv'
[英]"AttributeError" in a multiple dataframe for to_csv
我正在处理突变,它们分布在 22 个不同的文件中(仅使用 22 条染色体)。 当我保存这些文件并添加一列(命名为 chrom)时,我终于得到了多个数据框:
import pandas as pd
import os
import glob
path=os.getcwd()
files=glob.glob(path+"/*snp.txt")
li=[]
for file in files:
df=pd.read_csv(file,index_col=None,names=["pos","ref","AA"], delim_whitespace=True)
df['chrom']=os.path.basename(file)
df['chrom']=df.chrom.apply(lambda x: x.replace('snp.txt',''))
li.append(df)
li.to_csv(f'chrom{li.iloc[4,0]}_snp.csv')
但是当我试图将它保存在不同的数据框中时,我收到了这个警告:
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 6, in <module>
AttributeError: 'list' object has no attribute 'to_csv'*
我尝试使用dataframe=pd.DataFrame(li)
但结果如下:
89 pos ref AA chrom 0 100...
90 pos ref AA chrom 0 100...
91pos ref AA chrom 0 100...
我如何转换我的多个数据帧以将它们保存为多个 csv? 我的意思是,将每个编辑的 dataframe 保存到不同的 csv 文件中。
编辑:我不需要 em 连接。
而不是li.to_csv()
尝试pd.concat(li).to_csv('path')
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