rpy2 R->Python 数组：无维度转换

Question

目前我正在尝试使用rpy2 package 将一个复杂的嵌套tibble从 R 复制到 Python。由于 Python 不能很好地处理嵌套数据，我将我的数据分成两部分（元数据和几个时间序列）并将时间序列数据到 R 内的 3D 数组中。到目前为止一切顺利，但正如您在此处看到的那样，R 处理数组中不同于 Python 的维度。我希望rpy2会自行转换维度，但正如您在我的 MWE 情况并非如此：

import rpy2.robjects as ro
import numpy as np

from rpy2.robjects import numpy2ri
from rpy2.robjects import default_converter
from rpy2.robjects.conversion import localconverter

ro.r(
    """
        f <- function() {
            data1 <- c(
                1, 2,  3,  4,
                5, 6,  7,  8,
                9, 10, 11, 12
            )
            data2 <- c(
                10, 20,  30,  40,
                50, 60,  70,  80,
                90, 100, 110, 120
            )
            result <- array(
                c(data1, data2),
                dim = c(4, 3, 2)
            )
            print(result)
            print(dim(result))
            return(result)
        }
    """
)

r_f = ro.globalenv["f"]
v_np = r_f()

print(type(v_np))
print("###################################")

with localconverter(default_converter + numpy2ri.converter) as cv:
    np_data_measurment = ro.conversion.rpy2py(v_np)

print(np_data_measurment)
print(type(np_data_measurment))
print(np_data_measurment.shape)
print("###################################")

np_good = np.array(
    [
        [
            [1, 5, 9],
            [2, 6, 10],
            [3, 7, 11],
            [4, 8, 12]],
        [
            [10, 50, 90],
            [20, 60, 100],
            [30, 70, 110],
            [40, 80, 120]],
    ]
)

print(np_good)
print(type(np_good))
print(np_good.shape)

print("###################################")
print(np_data_measurment.reshape(2, 4, 3, order='F'))

结果是： , , 1

     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    5    9
[2,]    2    6   10
[3,]    3    7   11
[4,]    4    8   12

, , 2

     [,1] [,2] [,3]
[1,]   10   50   90
[2,]   20   60  100
[3,]   30   70  110
[4,]   40   80  120

[1] 4 3 2
<class 'rpy2.robjects.vectors.FloatArray'>
###################################
[[[  1.  10.]
  [  5.  50.]
  [  9.  90.]]

 [[  2.  20.]
  [  6.  60.]
  [ 10. 100.]]

 [[  3.  30.]
  [  7.  70.]
  [ 11. 110.]]

 [[  4.  40.]
  [  8.  80.]
  [ 12. 120.]]]
<class 'numpy.ndarray'>
(4, 3, 2)
###################################
[[[  1   5   9]
  [  2   6  10]
  [  3   7  11]
  [  4   8  12]]

 [[ 10  50  90]
  [ 20  60 100]
  [ 30  70 110]
  [ 40  80 120]]]
<class 'numpy.ndarray'>
(2, 4, 3)
###################################
[[[  1.   9.  50.]
  [  3.  11.  70.]
  [  5.  10.  90.]
  [  7.  30. 110.]]

 [[  2.  10.  60.]
  [  4.  12.  80.]
  [  6.  20. 100.]
  [  8.  40. 120.]]]
(base) 

现在我正在寻找一种方法来将我的数据从 R 转换为 Python，以保持 R 数组的维度。 如您所见，我还提供了一个示例，说明排序应如何看起来像np_good并尝试重塑坏的（但我更喜欢重塑数据的 rpy2 方式）。

关于如何将 3D arrays 从 R 复制到 Python，同时保持尺寸不变，您有什么想法吗？

Answer 1

这归结为 IMO 是 R 和（基于 C 的）numpy arrays 在 memory 中的布局方式：R - 列在前，numpy - 行在前。

一个简单的解决方案是转置 numpy 数组：

np_data_measurment.transpose((2,1,0))

这将为您提供与 R 相同的显示。

array([[[  1.,   2.,   3.,   4.],
        [  5.,   6.,   7.,   8.],
        [  9.,  10.,  11.,  12.]],

       [[ 10.,  20.,  30.,  40.],
        [ 50.,  60.,  70.,  80.],
        [ 90., 100., 110., 120.]]])

只要您不将此转置数组放回 R，就可以了。 （如果你这样做，你需要重新转置。）