指定地塊中混凝土分支的寬度。

Question

我想使用3種不同的線寬在系統發育樹上標記不同的分支。 我如何確定分支2的寬度為2，第10行的寬度為4，其余的行的寬度為1？ 例如，bird.orders數據集中有88個分支

data(bird.orders)
bird.orders@edge

這顯然什么也沒做

plot(bird.orders, edge.width = c(bird.orders$edge[2]==2, bird.orders$edge[10]==4, bird.orders$edge[-c(2,10)]==1))

謝謝！

Answer 1

首先，您需要確定邊緣順序，當plot.phylo()的參數方向設置為direction='leftwards' plot.phylo() direction='leftwards'時，顯然遵循這些規則：

1. 左轉到最遠的分支尖端（葉）
2. 然后往右走
3. 然后下去
4. 每次分支拆分時，重復1到3

一旦獲得了邊緣圖，就必須為每個分支建立一個具有所需寬度的矢量。 Wector位置與邊緣位置匹配。 使用此問題中的示例，此代碼將使分支1到5的寬度為4，其余的將采用默認寬度（1）：

plot(bird.orders, edge.width = c(4,4,4,4,4))