Scipy和Scikit中未定義的符號 - 在RedHat上學習

Question

我正在嘗試在沒有root權限的64位Red Hat Enterprise 6.6服務器上安裝Scikit-Learn。 我已經完成了Python 2.7.9，Numpy 1.9.2，Scipy 0.15.1和Scikit-Learn 0.16.1的全新安裝。 服務器上的Atlas BLAS安裝是3.8.4。

我可以安裝scikit-learn，但是當我嘗試用Python導入它時，我得到了

File "<pyinstall>/site-packages/scipy/parse/linalg/isolve/_iterative.so: undefined symbol: slamch_"

同樣，當我跑

>>> import scipy; scipy.test()

我得到16個錯誤，其中14個是以下未定義符號的ImportErrors：

• scipy/cluster/_vq.so: undefined symbol _gfortran_st_write_done
• scipy/special/_ufuncs.so: undefined symbol dstevr_
• scipy/linalg/_fblas.so: undefined symbol csyr_
• scipy/lib/blas/fblas.so: undefined symbol slamch_
• scipy/lib/lapack/flapack.so: undefined symbol sgbsv_
• scipy/spatial/qhull.so: undefined symbol _gfortran_st_write_done

我的研究我發現有幾個來源提出這樣的問題是因為Fortran編譯器在編譯BLAS / LAPack庫和scipy時不匹配，例如這個郵件交換和2007年的另一個（沒有鏈接，因為我的聲譽不夠高包含另一個鏈接;它引用了_gfortran_st_write_done符號）。 但是，BLAS構建是在只安裝了gfortran的服務器上完成的（沒有g77或Intel編譯器），我重新編譯scipy以明確使用gfortran。

scipy安裝說明還提到Atlas BLAS附帶的LAPACK版本不是完整的實現，並且如果安裝的LAPACK缺少某些功能，則可能會出現ImportErrors。 所以，我按照這里的說明安裝了完整版的LAPACK 3.5.0，也是用gfortran編譯的。 然后我重新編譯scipy和sklearn指向更新的庫，並收到相同的導入錯誤。

我的問題除了不匹配的Fortran編譯器之外，還有什么可能導致這些錯誤嗎？ 或者，是否有另一個我需要重新編譯的庫？

Answer 1

感謝Andreas Mueller提示：在本地安裝的anaconda安裝到我所擁有的目錄中解決了編譯問題。