R：交互效應中的特殊對比

Question

在雙向ANOVA的背景下，我想在另一個因子（SpeciesA，SpeciesB）的水平內輸入一個因子（10,20,30度）的對比度水平。 這假設交互作用是顯着的，因此不能簡單地對溫度主效應進行對比。

我試圖在EZanova，multcomp和phia中做到這一點，但一直無法弄清楚有效的語法。 我錯過了允許這個的套餐嗎？

對比度和系數

對比1：對於物種A，10度是否與20和30不同？ 物種：溫度（2，-1，-1,0,0,0） 對比度2：對於物種B，10度是否與20和30不同？ 物種：溫度（0,0,0,2，-1，-1） 對比度3：物種A的10度與物種B的20度和30度不同嗎？ 種類：溫度（2,0,0,0，-1，-1）

species<-rep(c("speciesA","speciesB"),each=12)
temp<-rep(rep(c("10","20","30"),each=4),2)
y<-rnorm(24,5,3)
(result<-anova(lm(y~species*temp)))

Answer 1

它是base-R的一部分。 請參閱“ ?contrasts頁面。 我將說明第一個要求的對比度; 另外兩個應該非常簡單。 我假設您希望單獨計算這些對比度p值，因此我使用how.many參數將對比度結構限制為單個比較。 否則你會得到5個對比，因為默認情況下， contrasts函數會嘗試建立一組正交對比：

set.seed(123)
species <- rep(c("speciesA","speciesB"),each=12)
temp <- rep(rep(c("10","20","30"),each=4),2)
y<-rnorm(24,5,3)

intvar <- interaction(species, temp)  # create an interaction variable
?contrasts

需要知道哪些級別可以正確排序對比度值：

> levels(intvar)
[1] "speciesA.10" "speciesB.10" "speciesA.20" "speciesB.20" "speciesA.30"
[6] "speciesB.30"

因此，這應該建立A物種中10對20或30個角度的對比：

 contrasts(intvar, how.many=1) <- c(2,0,-1,0,-1,0)
 anova(lm(y~intvar) )
#------------
Analysis of Variance Table

Response: y
          Df  Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
intvar     1   0.013  0.0129  0.0015 0.9695
Residuals 22 190.306  8.6503      

您似乎處於學習R的相當早的階段，因此我建議您學習構建數據幀以將data= -arguments傳遞給回歸函數，而不是在工作空間中處理“松散”對象，請不要找到使用attach的討厭習慣。