R和C ++中的Gibbs采樣

Question

我用不同的編程語言檢查過吉布斯抽樣； 在R中

  x <- rgamma(1,3,y*y+4)
  y <- rnorm(1,1/(x+1),1/sqrt(2*(x+1)))

在C ++中

  x = R::rgamma(3.0,1.0/(y*y+4));
  y = R::rnorm(1.0/(x+1),1.0/sqrt(2*x+2));

如果它使用R函數，為什么它在c ++中會有所不同，因為rgamma不接受n =觀察次數，並且取小數位數而不是速率作為默認輸入，並且rmrm也沒有n =觀察次數。

對於Rcpp，完全不同，例如；

 y = ::Rf_rnorm(1.0/(x+1),1.0/sqrt(2*x+2));

Answer 1

你有什么問題？

R::rgamma()也來自Rcpp。 它方便地包裝C級，非命名空間的::Rf_rnorm() 。

請注意，您還具有矢量化的 Rcpp::rnorm() ，在達倫·威爾金森（Darren Wilkinson）發表第一篇文章之后，還有很多吉布斯采樣器（Gibbs Sampler）示例。 最好的例子可能是Rcpp Gallery上的此頁面 。

編輯：並且您顯然對shape = 1/rate參數化感到困惑，這是一個完整而有效的示例：

我們首先編譯一個通過Rcpp調用C ++的便捷R函數：

R> cppFunction("NumericVector callrgamma(int n, double shape, double scale) { 
+                  return(rgamma(n, shape, scale)); }")
R>

然后我們調用R，確保我們修復了種子：

R> set.seed(42); rgamma(3, 2.0, 2.0)   # calling R
[1] 1.824478 0.444055 0.779610
R>

現在，使用相同的種子 ，我們調用C ++函數，並確保我們也尊重“ 1 / over”重新參數化 ：

R> set.seed(42); callrgamma(3, 2.0, 1/2.0)   # calling Rcpp
[1] 1.824478 0.444055 0.779610
R>