如何在Python中讀取通用數據格式（CDF）

Question

我需要使用python讀取CDF文件。 我找到了庫，但我不明白如何使用它。 例如在這（ Python lib ），我需要下載CDF lib，我不知道在哪里下載。 有CDF的下載頁面，但它似乎與這個庫無關。

Answer 1

@miraculixx的答案是正確的，但它假設您已經安裝了CDF C庫 。

如果您在SO上發現此問題之前甚至不知道CDF文件格式是什么，這是一個易於遵循的指南。

1.下載最新版本的CDF C庫：

您可以在此鏈接中找到最新的穩定版本。 使用wget獲取源代碼，然后解壓縮。 注意：以下將在當前文件夾中創建一個目錄./如果要以不同的路徑下載代碼，請確保更改下面的代碼。

wget -r -l1 -np -nd -nc http://cdaweb.gsfc.nasa.gov/pub/software/cdf/dist/latest-release/linux/ -A cdf*-dist-all.tar.gz
tar xf cdf*-dist-all.tar.gz -C ./
cd cdf*dist

2.安裝所有依賴項：

SpacePy和CDF庫有幾個依賴關系（正如@Michal Dyzma所指出的那樣）。 你可以使用conda或pip和apt安裝它們。

pip install numpy scipy h5py matplotlib networkx
apt install build-essential gfortran libncurses5-dev

3.編譯C庫：

您應該已經下載了一個README.install文件，其中包含有關此步驟的更多詳細信息，而不是我將提供的內容。 兩美分是您要檢查哪些編譯變量對於您的系統和需求是必需的/可選的。

make all.help

我將使用GNU C編譯器構建Linux發行版。 我對FORTRAN接口不感興趣，我的操作系統支持可共享庫。 我想安裝基於Curses的工具包程序，允許使用基於命令行的交互式CDF工具（這就是為什么我們在步驟2中安裝了libncurses5-dev依賴項）。 結果這是最后的make命令：

make OS=linux ENV=gnu CURSES=yes FORTRAN=no UCOPTIONS=-O2 SHARED=yes -j4 all
make install #no sudo

安裝應該運行平穩，並添加在所有文件./bin ， ./include和./lib子目錄。

4.設置環境變量：

在./bin應該有一個名為definitions.B的文件，它會自動為您執行此操作，使用chmod+x使其可執行，並將以下行添加到~/.bashrc （ 注意： 1）我假設您安裝了圖書館路徑$HOME/Libraries/ ; 2）之后有一個空格. ）：

. $HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist/bin/definitions.B

重要說明：上面的文件在第68行有一個錯誤，而不是附加到環境變量LD_LIBRARY_PATH它會覆蓋它。 修復很簡單，用以下內容替換第68行 ：

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist/lib:$LD_LIBRARY_PATH

如果由於某種原因， definitions.B不存在，只需添加以下內容：

export CDF_BASE=$HOME/Libraries/cdf/cdf36_3-dist
export CDF_INC=$CDF_BASE/include
export CDF_LIB=$CDF_BASE/lib
export CDF_BIN=$CDF_BASE/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$CDF_BASE/lib:$LD_LIBRARY_PATH

你已經准備好了，去做好事：

假設您使用pip安裝了spacepy ，以下內容應該是開箱即用的：

from spacepy import pycdf
cdf = pycdf.CDF('/path/to/file.cdf')
print(cdf)

Answer 2

如果你有Python的包工具， pip安裝，你可以得到spacepy cdf庫，如下所示：

$ pip install git+https://github.com/spacepy/spacepy.git

請注意，這將安裝許多依賴項，包括numpy和scipy。 從頭開始安裝這些可能有點困難。 您可能希望首先安裝現成的包，例如anaconda 。 一旦完成，只需使用上面的命令，spacepy應該像輕而易舉地安裝。

一旦spacepy的安裝成功，根據這個例子，它應該是這樣的：

from spacepy import pycdf
cdf = pycdf.CDF('/path/to/file.cdf')
print(cdf)

Answer 3

前段時間我遇到了同樣的問題。 我假設你在Windows上工作......

根據Spacepy文檔，您需要幾個依賴項才能使用其cdf模塊。

首先它是SpacePy官方只支持32位python版本，因此你必須在323bit中擁有python。

其次 ，它需要在您的系統中安裝NASA CDF庫（也是32位版本）。 你可以從這里抓住它。

第三步繼續使用Spacepy依賴：

• numpy的
• SciPy的
• matplotlib
• h5py
• networkx
• ffnet

他們中的大多數是Anaconda捆綁的一部分。 如果它們不是，你必須安裝它們只需pip install <package name> 。

如果您從源代碼編譯時遇到問題，我建議您訪問Christoph Gohlke網站並獲取與您的python版本匹配的Windows預構建二進制文件。 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

這應該讓你使用Spacepy CDF模塊。

您也可以嘗試其他方法。 從NASA頁面下載CDF-to-netCDF轉換器並在CDF文件上運行它。

Python有很好的netCDF模塊，可以從GitHub或python repo安裝。 在這種情況下，您還需要幾個依賴項，如HDF5，netCDF-4，numpy，cython。

獲得netCDF文件后，可以使用netCDF模塊或scipy.io模塊訪問它。