networkx刪除節點屬性

Question

我已經將numpy-array附加到networkx圖中的節點。 如何在磁盤上以gexf格式存儲圖形？ （沒有numpy向量，因為它只是中間的東西...）

def create():
    G = nx.Graph()
    for i in range(256):
        G.add_node(i, vector=np.arange(20))
    for i in range(1,20):
        for j in range(1,256, 10):
            G.add_edge(i,j)

    temp = tempfile.mktemp(suffix=".gexf")
    print("dumping G = (V: %s, E: %s) to disk %s"
        % (len(G.nodes()), len(G.edges()), temp))
    nx.write_gexf(G, temp)

但是，這打破了。 我是python的新手，但對我來說ndarray似乎不可序列化？ 那么，如何告訴networkx忽略該節點屬性？

File "...lib\site-packages\networkx\readwrite\gexf.py", line 430, in add_attributes
    attr_id = self.get_attr_id(make_str(k), self.xml_type[val_type],
KeyError: <type 'numpy.ndarray'>

Answer 1

使用本機pickle類的庫，或對HDF5使用h5py類的庫來序列化圖形對象。 例如，您可以執行以下操作：

import pickle

with open("pickle_file", "wb") as f:
    pickle.dump(create(), f)

可以通過以下方法將腌制后的圖加載回Python：

with open("pickle_file", "rb") as f:
    G = pickle.load(f)

Answer 2

我通過從數據項中刪除屬性“ vector”來解決此問題：

for (n,d) in G.nodes(data=True):
    del d["vector"]

完整的MWE：

def create():
    G = nx.Graph()
    for i in range(256):
        G.add_node(i, vector=np.arange(20))
    for i in range(1,20):
        for j in range(1,256, 10):
            G.add_edge(i,j)

    temp = tempfile.mktemp(suffix=".gexf")
    print("dumping G = (V: %s, E: %s) to disk %s"
        % (len(G.nodes()), len(G.edges()), temp))
    for (n,d) in G.nodes(data=True):
        del d["vector"]
    nx.write_gexf(G, temp)