如何分析系統發育樹的每個末端都有多個人的數據的特征？

Question

我是系統發育分析的新手，並且正在使用ape庫分析28種不同物種的34種靈長類動物的神經解剖特征。 我使用了10ktrees來獲得共識的系統發育樹（有28個技巧）。 但是，我無法將表型和樹結合起來，因為觀察數與提示數不匹配。 我應該使用多義術將筆尖分成多個主題嗎？

到目前為止，這是我的代碼：

tree <- read.nexus("10ktree.nex")
pheno <- read.csv("pheno.csv")
BrainVolume <- pheno$BrainVolume
names(BrainVolume) <- pheno$GenBank.Name
pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree)

我得到以下錯誤：

Error in pic(BrainVolume, tree) : 
  length of phenotypic and of phylogenetic data do not match

謝謝您的幫助！

Answer 1

正如我在評論中說的那樣，伊曼紐爾·帕拉迪斯（Emmanuel Paradis）的第二版（2012年）第6.1.10章“種內變異”具有“用R進行系統發育和進化分析”的確切信息。 本章討論了幾種方法。 這是基於Felsenstein（2008）的一種方法，該方法將每個物種的單個個體的系統發育對比方法擴展到多個個體。

對pic的每個物種的單個個體調用為pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree) ，其中BrainVolume是向量。 對於多個體方法，BrainVolume必須是一個列表，其中某些條目可以具有一個表示同一物種的多個個體的值的向量。 我使用以下命令創建了原始pheno文件的“分組”版本

grouped<-split(pheno,pheno$GenBank.Name)

接下來， lapply以列出BrainVolume表型：

BrainVolume<-lapply(grouped,"[[","BrainVolume")

最后，使用實現Felsenstein方法的pic.ortho函數：

pic.SA<-pic.ortho(SA,tree,intra=TRUE)

所得的對比度可以與原始pic命令一起使用。

參考

Felsenstein J（2008）“具有抽樣誤差和物種內變異的比較方法：對比和修訂過的對比”，美國自然主義者171：713--725