帶有 .nii.gz 文件的醫學成像 (PyRadiomics)

Question

我正在嘗試實施 package：

https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/usage.html

它看起來超級簡單，但他們需要 .nrrd文件。 我的文件是.nii.gz。 我該如何解決這個問題？ 也，有沒有人試過在 TCIA 數據上應用 PyRadiomics？ 如果是這樣，我可以看看你的 github 或 Jupyter Notebook 嗎？

非常感謝。

Answer 1

您可以先將 NII 轉換為 numpy 數組，然后使用以下方法將其轉換為 NRRD：

nrrd和nibabel

import numpy as np
import nibabel as nib
import nrrd

# Download NII
example_filename = "image.nii.gz"
image = nib.load(example_filename)

# Turn into numpy array
array = np.array(img.dataobj)

# Save NRRD
nrrd_path_to = "image.nrrd"
nrrd.write(image_path_to, array)

Answer 2

雖然示例在.nrrd 中，但 PyRadiomics 使用 SimpleITK 進行圖像操作。 這允許 PyRadiomics 支持整個范圍的圖像格式，包括.nii.gz。 您不必轉換它們。

Answer 3

DWIConverter將DICOM系列中的擴散加權 MR 圖像轉換為nrrd格式，以便在 Slicer 中進行分析。 它解析DICOM header 以提取有關測量框架、擴散加權方向、b 值等的必要信息，並寫出nrrd圖像。 對於非擴散加權DICOM圖像，它加載整個DICOM系列並在.nhdr/.raw對中寫出單個DICOM卷。

因此，使用此工具可以嘗試將DICOM文件中的.nii.gz轉換為nrrd格式。 此外，您可以查看類似模塊的SlicerDMRI 。