重塑圖像后如何保存圖像（nii.gz）？

Question

我正在嘗試在重塑圖像后對其進行重塑，但在保存方法方面我遇到了問題。 這是我要運行的代碼：

import nibabel as nib
import numpy as np
from nibabel.testing import data_path
import os
example_filename = os.path.join("D:/Volumes convertidos LIDC", 'teste001converted.nii.gz')
img = nib.load('teste001converted.nii.gz')
print (img.shape)
newimg = img.get_fdata().reshape(332,360*360)
print (newimg.shape)
nib.save(newimg, os.path.join("D:/Volumes convertidos LIDC", 'test4d.nii.gz'))

我收到一個錯誤：

AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'to_filename'

有什么辦法可以解決

Answer 1

您正在嘗試保存numpy數組，而nib.save需要SpatialImage object。

您應該將numpy數組轉換為SpatialImage ：

final_img = nib.Nifti1Image(newimg, img.affine)

之后您可以保存圖像：

nib.save(final_img, os.path.join("D:/Volumes convertidos LIDC", 'test4d.nii.gz'))

有關更多說明，請參閱文檔和此答案。