公式中的錯誤。（公式，數據=數據）：公式中的無效功效

Question

我正在嘗試對劑量預測值進行轉換，這是我的代碼：

mod = glm(colonies ~ (as.numeric(as.factor(dose)))^(m), data = salmonella, family = "poisson")

其中“ m”是我使用的力量。 但是，我遇到了一個錯誤

> mod = glm(colonies ~ (as.numeric(as.factor(dose)))^(m), data = salmonella, family = "poisson")
Error in terms.formula(formula, data = data) : invalid power in formula

誰知道為什么？

抱歉，不清楚。 根據先前的計算，我的m為-0.18182。 我現在知道我不應該使用as.numeric（as.factor）。 但是如果代碼是

mod = glm(colonies ~ (as.factor(dose))^(m), data = salmonella, family = "poisson")

錯誤仍然存​​在。 這很奇怪，因為當我將m更改為2時，它可以工作。

Answer 1

tl; dr我最好的猜測是，您應該使用I(...^m)來保護^ /讓R將其視為數值乘冪運算符。

我在faraway包裹中找到salmonella ，可以確認您的錯誤。 實際上，它通過各種簡化而得以保留。

m <- 1  ## same results with m <- 2L, etc.
mod = glm(colonies ~ (as.numeric(as.factor(dose)))^(m), data = salmonella, family = "poisson")
mod = glm(colonies ~ dose^(m), data = salmonella, family = "poisson")
mod = glm(colonies ~ dose^m, data = salmonella, family = "poisson")
mod = lm(colonies ~ dose^m, data = salmonella)

看起來R的公式接口不允許在公式的冪中進行符號替換。

但是 ：如果您真正想做的是

• 將dose轉換為均勻間隔的整數值（0 = 1、10 = 2、33 = 3）
• 在GLM中使用該劑量的冪作為預測變量

然后使用I()指定R應該將^視為數字運算符，而不是公式中的交互運算符，這就是您想要的：

ss <- transform(salmonella, numdose=as.numeric(as.factor(dose)))
mod = glm(colonies ~ I(numdose^m), data = ss, family = "poisson")

OTOH圖片顯示這並不完全是瘋狂的（盡管也沒有必要）：

library(ggplot2); theme_set(theme_bw())
m <- 2
ggplot(ss,aes(numdose,colonies))+
    geom_point()+
    geom_smooth(method="glm",method.args=list(family=poisson))+
    geom_smooth(method="glm",method.args=list(family=poisson),
                formula=y~I(x^m),colour="red")
ggsave("numdose.png")

Answer 2

如果這是來自程序包“ faraway”的salmonella數據集，則您不能在劑量值上使用as.factor或as.numeric，因為它已經是數字了。

轉換為因數會嚴重扭曲“劑量”的含義

此外，在R中執行多項式模型的正確方法是使用poly函數而不是形成二次項。 如果您堅持使用“原始”二次項，那么使用poly會更容易，但是正如Ben所建議的那樣，應該使用I函數

library(faraday)
m=2
mod = glm(colonies ~ I(dose^m), data = salmonella, family = "poisson")

但是，更好的是：

 m=2; mod = glm(colonies ~ poly(dose, m), data = salmonella, family = "poisson")

這將為您提供線性項和二次項，但二次項將作為正交多項式完成，然后您可以進行適當的推斷。