計算重復測量設計的結果比例

Question

我有以下格式的表格：

CowId    Result          IMI
1        S. aureus       1
1        No growth       0
2        No growth       0
2        No growth       0
3        E. coli         1
3        No growth       0
3        E. coli         0
4        Bacillus sp.    1
4        Contaminated    0

從該表中，我想計算在所有采樣時間點對於 IMI（0 = 負；1 = 正）為負的 CowId 的比例。

在此示例中，25% 的奶牛 [CowId = 2] 在所有采樣時間點的 IMI 測試均為陰性。

為了計算這個比例，我最初的方法是對每個 CowId 進行分組，然后計算負 IMI 數量與 IMI 測試總數之間的差異，其中結果值為 0 表示奶牛對 IMI 完全是陰性的時間點。

到目前為止，我的代碼為每個單獨的 CowId 計算這個。 我怎樣才能增加它來計算上述比例？

fp %>%
  filter(Result != "Contaminated") %>%
  group_by(CowId) %>%
  summarise(negative = (sum(IMI == 0) - length(IMI)))

Answer 1

我們可以計算有多少CowId在all點測試為陰性並計算它們的比率。

library(dplyr)

fp %>%
  filter(Result != "Contaminated") %>%
  group_by(CowId) %>%
  summarise(negative = all(IMI == 0)) %>%
  summarise(total_percent = mean(negative) * 100)

# total_percent
#          <dbl>
#1            25

---

在基礎 R 中，我們可以使用aggregate

temp <- aggregate(IMI~CowId, subset(fp, Result != "Contaminated"), 
                  function(x) all(x == 0))

mean(temp$IMI) * 100

數據

fp <- structure(list(CowId = c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L), 
Result = structure(c(5L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 3L, 1L, 2L), .Label = 
c("Bacillus_sp.","Contaminated", "E.coli", "No_growth", "S.aureus"), 
class = "factor"),IMI = c(1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L)), 
class = "data.frame", row.names = c(NA, -9L))

Answer 2

帶數據data.table

library(data.table)
setDT(fp)[Result != "Contaminated", .(negative = all(IMI == 0)), 
      .(CowId)][, .(total_percent = mean(negative)* 100 )]
#   total_percent
#1:            25

數據

fp <- structure(list(CowId = c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L), 
Result = structure(c(5L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 3L, 1L, 2L), .Label = 
c("Bacillus_sp.","Contaminated", "E.coli", "No_growth", "S.aureus"), 
class = "factor"),IMI = c(1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L)), 
class = "data.frame", row.names = c(NA, -9L))