heatmaply：調整顏色

Question

我正在使用heatmaply來可視化單細胞表達數據。
我想使用自定義顏色並將“黃色”分配給表達式級別> 2，將“洋紅色”分配給表達式級別<-2。 [-2,2]之間的范圍應該用“洋紅色”-“黑色”-“黃色”的平滑漸變來表示。

在這里，我的示例文件是一個 10 行 x 5 列的矩陣：

my_palette<-PurpleAndYellow(50) 
heatmaply(test,col = my_palette, dendrogram = "none")

它產生正確的“PurpleAndYellow”顏色熱圖，但是它在整個范圍內縮放 [-5, +5]

如果我指定scale_fill_gradient_fun ，則熱圖的顏色變為“RdBu”幽靈（Heatmap2）：

heatmaply(ab, col = my_palette, dendroram="none",
          scale_fill_gradient_fun = ggplot2::scale_fill_gradient2(
            low = "magenta", mid="black",high = "yellow", midpoint = 0, 
            limits = c(-2, 2)))

你能告訴我如何使用heatmaply改變顏色和調整熱圖的亮度嗎？

Answer 1

我認為您在添加限制后走上了正確的軌道，但無需添加scale_fill_gradient_fun 。 這會自動覆蓋您的調色板，除非您也在此 function 中指定它。 無論如何，我相信這應該有效：

library(heatmaply)

my_palette<-PurpleAndYellow(50) 
heatmaply(test,col = my_palette, dendrogram = "none", limits = c(-2, 2))

就亮度而言，我不確定是否可以按照您的想法解決。 在我看來，能見度的問題不是由於亮度，而是因為你正在淡入淡出黑色。 我認為一個不錯的選擇可能是改變你的漸變，這樣中心就不會變成黑色——也許是淺灰色或類似的東西。